Учёные расшифровали генетический код жабы-аги

Группа учёных из UNSW Sydney, Сиднейского университета, Университета Дикина, Португалии и Бразилии расшифровала ДНК ядовитой жабы-аги (тростниковой жабы), угрожающей многим аборигенным видам Австралии. Результаты опубликованы в журнале GigaScience.

«Несмотря на её культовый статус, в нашем понимании генетики жабы-аги существуют серьёзные пробелы, и до сих пор никто не собирал её геном», — говорит руководитель проекта, профессор микробиологии и молекулярной биологии UNSW Питер Уайт.

Команда из UNSW и Сиднейского университета работала в Центре геномики Рамаччотти при UNSW. «Используя передовые технологии секвенирования, мы секвенировали около 360 миллиардов пар оснований и собрали один из геномов амфибий наивысшего на сегодняшний день качества», — говорит ведущий автор исследования, старший преподаватель доктор Рич Эдвардс.

Исследователям удалось расшифровать более 90% генов жабы-аги с помощью технологии, позволяющей секвенировать очень длинные фрагменты ДНК. Черновой геном теперь свободно доступен, что поможет ускорить исследования.

«Будущий анализ генома даст представление об эволюции жабы-аги и углубит наше понимание её взаимодействия с экосистемой. Это поможет понять, как жаба распространяется, как действует её токсин, и откроет новые пути для контроля её популяции», — говорит эксперт по жабе-аге, заслуженный профессор Сиднейского университета Рик Шайн.

Наличие генома также поможет найти новые варианты контроля популяции, например, метод биоконтроля с использованием вируса. «Чтобы найти вирус для биоконтроля, нам нужен доступ к ДНК и РНК жабы», — объясняет аспирант UNSW Элис Руссо.

В статье, опубликованной в этом месяце в Journal of Virology, исследователи описывают, как они, используя комбинацию секвенирования ДНК и РНК, обнаружили у жаб-аг три новых вируса: ретровирус, пикорнавирус и цирковирус, генетически схожие с вирусами, поражающими лягушек, рептилий и рыб. Для двух из них был найден полный геном — оба потенциально могут быть использованы в качестве агентов биоконтроля.

Жаба-ага высокоадаптивна и наносит разрушительный ущерб фауне во многих регионах вторжения — она присутствует в 138 странах. С момента её интродукции в Квинсленде в 1935 году для борьбы с тростниковым жуком миллионы жаб заняли более 1,2 миллиона квадратных километров, отравляя такие виды, как северную сумчатую куницу, пресноводных крокодилов и несколько видов ящериц и змей.