Расшифровка пасхального кролика: восточно-финский заяц-русак стал стандартом для генома вида

Исследовательская группа по изучению зайцев из Университета Восточной Финляндии опубликовала хромосомно собранный референсный геном европейского зайца-русака. Референсные геномы представляют собой стандарт для геномов вида, с которым можно сравнивать любые геномные данные этого вида.

Раньше сборка референсных геномов была очень сложной, так как требовала построения цитогенетических и линкage-карт хромосом, поэтому они были доступны только для человека и некоторых известных модельных организмов.

Современные технологические достижения позволили использовать новые методы для реконструкции структуры хромосом и определения их генного содержимого. Эти методы были применены в данном исследовании для секвенирования и сборки референсного генома самца русака из Липери, Восточная Финляндия.

Геном состоит из 2,9 миллиарда пар оснований, которые формируют 23 аутосомные хромосомы и половые хромосомы X и Y. Всего идентифицировано 30 833 гена, из которых 21 467 кодируют белки. Для сравнения: геном человека немного больше (3,1 млрд оснований), но содержит меньше генов, кодирующих белки (20 080).

Заяц-русак представляет собой первый геном финского вида в инициативе European Reference Genome Atlas, целью которой является создание референсных геномов для всех европейских эукариотических видов.

Референсный геном открывает возможности для многих видов исследований этого вида в будущем, так как любые данные последовательности ДНК можно быстро идентифицировать, сравнивая их с референсом. Исследователи могут находить и изучать интересные участки генома, например, отдельные гены.

Вместе с референсным геномом беляка, который в настоящее время готовится, геном русака уже открыл новые пути для исследований эволюционной истории, физиологических адаптаций и популяционных обследований. Открытый доступ к геномным данным ускорит развитие в этой области.

Время публикации генома очень символично, поскольку заяц-русак является прообразом оригинального пасхального кролика из европейского фольклора. Русак был распространён в континентальной Европе задолго до того, как стали популярны кролики, происходящие с Пиренейского полуострова.