Новое исследование африканских летучих мышей внедряет современные способы обмена научными данными

Новые данные о филогенетике и систематике некоторых ранее известных, а также ещё не идентифицированных видов подковоносых летучих мышей (семейство Hipposideridae) стали первым вкладом в недавно запущенную коллекцию научных статей. Её задача — помочь учёным из разных дисциплин лучше понять потенциальных хозяев и переносчиков зоонозных заболеваний, таких как коронавирус. Летучие мыши и панголины — одни из животных, уже идентифицированных как особо мощные переносчики опасных для жизни вирусов, включая печально известный SARS-CoV-2.

Статья, опубликованная в рецензируемом журнале ZooKeys, также внедряет новое поколение практик публикации Linked Open Data (LOD), созданных для облегчения научного сотрудничества в периоды срочности, подобные нынешней пандемии COVID-19, охватившей более 230 стран.

Международная команда учёных под руководством доктора Брюса Паттерсона указывает на существование множества ещё не описанных видов подковоносых летучих мышей в биоразнообразных регионах Восточной Африки и Юго-Восточной Азии. Чтобы ускорить будущие открытия об их идентичности, биологии и экологии, исследователи предоставляют ключевые данные о генетике и родственных связях внутри их высших таксонов, а также дополнительную информацию о географическом распространении.

«Подковоносые летучие мыши переносят коронавирусы — не тот штамм, который сейчас поражает людей, но это определённо не последний случай передачи вируса от дикого млекопитающего человеку. Если мы будем лучше знать, что это за летучие мыши, мы будем лучше подготовлены, если это произойдёт», — говорит доктор Терренс Демос, соавтор статьи.

«COVID-19 — это вирус, который бесчинствует в человеческой популяции. Он произошёл от подковоносой летучей мыши в Китае. В Китае 25 или 30 видов подковоносых летучих мышей, и никто не может определить, какой именно был вовлечён. Мы обязаны самим себе узнать о них и их родственниках больше», — комментирует Паттерсон.

Чтобы учёные разных дисциплин, а также представители здравоохранения и власти имели под рукой научные данные, команда дополнила публикацию особо ценной таблицей в приложении. В ней в удобном формате представлены:

  • фундаментальные сырые генетические данные по каждому изученному образцу;
  • его точная идентификация и происхождение;
  • информация о коллекции естественной истории, где образец хранится.

Особая ценность этих данных в том, что вся информация связана (Linked Open Data) с другими типами данных, хранящимися в различных базах данных и репозиториях по всему миру. Более того, эти связанные данные опубликованы на специальных языках кода, «понятных» компьютерам.

Это позволяет:

  • исследователю, ищущему данные по конкретному образцу из таблицы, мгновенно получить доступ к дополнительным данным из внешних репозиториев с помощью одного алгоритма;
  • другому учёному извлечь все патогены, обнаруженные в тканях образцов определённого вида животных или из популяций, обитающих в конкретном географическом ареале.