Усовершенствование теста для отслеживания пищевых инфекций
Исследование Университета Мельбурна (Австралия) может упростить для эпидемиологов задачу определить, является ли случай пищевого отравления изолированным инцидентом или частью более крупной вспышки. Результаты опубликованы в Journal of Bacteriology.
Исследование сосредоточено на тесте MLVA (multi-locus variable number tandem repeats variable analysis). Этот тест, всё чаще применяемый для обнаружения и расследования вспышек пищевых инфекций, анализирует специфические последовательности ДНК (локусы), которые меняются достаточно быстро, чтобы отличать штаммы, вызвавшие вспышку, от других циркулирующих штаммов бактерий, но не настолько быстро, чтобы связь была скрыта изменениями, возникающими в ходе самой вспышки.
Однако скорость изменения профилей MLVA для Salmonella ранее не изучалась напрямую, что иногда затрудняет интерпретацию этих профилей в контексте обнаружения и расследования вспышек.
В ходе исследования учёные культивировали изолят Salmonella Typhimurium из австралийской вспышки пищевого отравления и наблюдали изменения в его профиле MLVA на протяжении более 28 000 поколений роста в лаборатории. Затем, используя ту же бактериальную линию, они наблюдали изменения профиля MLVA в течение 500 дней роста у мышей.
Были оценены скорости изменения числа копий в каждом из пяти локусов, обычно используемых для MLVA S. Typhimurium. Изменения в ДНК были зафиксированы в трёх локусах, но не в двух других. На основе этих результатов исследователи рекомендуют считать изоляты, имеющие ноль или одно различие в трёх быстро меняющихся локусах, но не имеющие различий в двух других, частью одного кластера (вспышки).
Также было отмечено, что относительные скорости изменений среди локусов были одинаковыми как в исследованиях в чашке Петри, так и в исследовании на мышах.
«Это говорит нам о том, что нам не нужно беспокоиться о том, откуда были выделены бактерии — от людей или из пищи», — говорит автор исследования Кэтрин Холт.
MLVA используется для расследования не только сальмонеллёза, но и других пищевых инфекций, включая листериоз и инфекции E. coli. По словам Холт, это основной метод расследования вспышек сальмонеллёза в Европе, Великобритании, Австралии и других регионах.
«В США Центры по контролю и профилактике заболеваний используют для первоначального расследования другую технику — PFGE, а затем применяют MLVA», — отмечает она.