Исследователи разработали более быстрый метод идентификации штаммов Salmonella

Метод, который позволит сократить более чем вдвое время, необходимое для идентификации штаммов Salmonella, разработан исследователями из Колледжа сельскохозяйственных наук Университета Пенсильвании.

Это открытие важно, так как значительно ускорит реагирование на вспышки болезней пищевого происхождения. Эпидемиологи смогут быстрее определить точный подтип штамма Salmonella и найти источник заражения.

• Масштаб проблемы: В США ежегодно регистрируется более миллиона случаев сальмонеллёза, приводящих примерно к 400 смертям, 20 000 госпитализаций и экономическим потерям в миллионы долларов.
• Текущий метод: Сейчас в лабораториях общественного здравоохранения используется метод пульс-гель-электрофореза (PFGE), который занимает 1–3 дня.
• Новый метод: Разработанный подход, названный CRISPR-MVLST, часто позволяет получить результат всего за один день.

Как работает CRISPR-MVLST

Метод фокусируется на идентификации штаммов серотипа Salmonella Newport (третий по распространённости).

• Он анализирует два гена вирулентности и две новые области ДНК Salmonella, известные как кластеризованные регулярно расположенные короткие палиндромные повторы (CRISPR).
• Используется метод типирования по последовательности множественных локусов вирулентности (MVLST) для обнаружения штамм-специфичных различий в ДНК в этих четырёх участках.

Преимущества и проверка метода

• Скорость и точность: Метод не только быстрее, но и даёт результаты, сопоставимые по точности с PFGE.
• Практическая проверка: Метод успешно прошёл слепое тестирование во время вспышки сальмонеллёза в Пенсильвании, связанной с помидорами (37 заболевших). Исследователи точно идентифицировали 10 изолятов, связанных со вспышкой, среди 20 предоставленных образцов.
• Другие преимущества: Метод, вероятно, будет дешевле. Данные в виде последовательности ДНК (текстовый файл) легко передавать и сравнивать между лабораториями по всему миру.

Ключевое отличие: CRISPR-MVLST анализирует последовательность ДНК, в то время как PFGE разрезает ДНК на фрагменты без получения информации о последовательности. Подход с использованием CRISPR-регионов применим примерно к 50% бактерий, включая Mycobacterium tuberculosis, Campylobacter и E. coli.