Новый тест точно определяет источник пищевых патогенов

Вспышки болезней пищевого происхождения, такие как заражённая Salmonella индейка (более 100 заболевших) и дыни с Listeria (15 смертей в этом году), сделали приоритетом для общественного здравоохранения быстрое обнаружение и определение источника таких вспышек.

Новый метод, описанный онлайн 14 октября в журнале Applied and Environmental Microbiology группой учёных под руководством специалистов из Корнелла, позволит государственным агентствам и пищевым компаниям с беспрецедентной точностью определять природу и происхождение болезнетворных бактерий, говорит профессор Мартин Видманн.

Стандартный метод отслеживания включает разделение ДНК образцов бактерий на фрагменты и анализ их паттернов. Однако часто разные штаммы имеют слишком схожие генетические "отпечатки пальцев", что затрудняет установление связи между случаями. Так было при вспышке Salmonella в 2009-2010 гг., связанной с салями из заражённого перца (272 случая в 44 штатах).

Чтобы преодолеть это, Видманн применил геномный подход. Секвенировав геном 47 образцов бактерий (20 от людей во время вспышки и 27 контрольных), команда смогла быстро отделить связанные со вспышкой случаи от несвязанных, выделив четыре образца, связанных с заражением перца.

В процессе также были обнаружены другие связи:

• Штамм Salmonella, вызвавший общенациональный отзыв фисташек в 2009 году, был найден у четырёх человек, лишь один из которых сообщил о употреблении фисташек.
• Были выявлены другие небольшие вспышки, ранее неизвестные официальным лицам.

"Использование методов секвенирования генома для расследования вспышек болезней пищевого происхождения относительно ново и очень перспективно, так как помогает определить временное, географическое и эволюционное происхождение вспышки", — сказал Видманн. Полногеномные данные могут помочь выявить небольшие вспышки, которые не обнаруживаются менее точными методами.

Видманн, научный сотрудник Хенк ден Баккер и другие разработали тест на однонуклеотидный полиморфизм (SNP), специфичный для вспышки 2009 года, связанной с перцем, при участии исследователей из Life Technologies Corp., Университета штата Вашингтон и департаментов здравоохранения Нью-Йорка.

Подобный подход ранее использовался в больницах для отслеживания таких патогенов, как метициллин-резистентный Staphylococcus aureus, но это его первое применение для болезней пищевого происхождения.

Видманн совершенствует метод и тестирует его на других типах бактерий. FDA и другие агентства США также начинают использовать подобные подходы.