Микрофлора

Микрофлора — это совокупность микроорганизмов (бактерий, микроскопических грибов, водорослей, архей, простейших и вирусов), обитающих в определённой среде.

Термин имеет два основных контекста употребления:

Экологический контекст. Совокупность всех микроорганизмов, населяющих конкретную среду обитания — например, почву, воду, воздух, организм человека, животного или растения. В этом смысле говорят о микрофлоре кишечника, микрофлоре ризосферы (почвы вокруг корней) или микрофлоре водоёма.
Таксономический контекст. Совокупность определённых групп микроскопических организмов, в первую очередь бактерий, а также микроскопических грибов (дрожжей, плесеней) и водорослей. Вирусы (вирофауна) и простейшие, хотя и являются микроскопическими, обычно рассматриваются отдельно.

Современный контекст

Современная микробиология значительно расширила понимание микрофлоры. Ключевые изменения:

Микробиом. Сегодня чаще используется более широкий и точный термин микробиом, который подразумевает не просто набор видов, но и всю совокупность их генов, метаболитов, а также сложные взаимоотношения между собой и с организмом-хозяином или средой.
Роль в экосистемах и здоровье. Микрофлора признана критически важным компонентом любой экосистемы. Она участвует в круговороте веществ (азота, углерода), формировании почвы, поддержании здоровья растений. Микрофлора человека (кишечная, кожная и др.) рассматривается как отдельный «орган», влияющий на пищеварение, иммунитет, метаболизм и даже работу нервной системы.
Методы изучения. Классические методы культивирования, на которых базировалось старое определение, позволяли изучить менее 1% микроорганизмов. Современные молекулярно-генетические методы (например, метагеномное секвенирование) позволяют идентифицировать и изучать всё микробное сообщество, включая некультивируемые формы, что кардинально изменило представления о его разнообразии и функциях.