Криптограмма вируса

Криптограмма вируса — это условная запись, кодирующая основные структурные и биологические свойства вируса в виде четырёх пар символов. Этот формат позволяет кратко и стандартизированно описывать характеристики вирусных частиц.

Структура криптограммы:

1. Первая пара символов: описывает тип и структуру генетического материала.

   • Первый символ: тип нуклеиновой кислоты (R — РНК, D — ДНК).
   • Второй символ: число цепей в молекуле нуклеиновой кислоты (1 — одноцепочечная, 2 — двухцепочечная).

2. Вторая пара символов: характеризует молекулярные параметры нуклеиновой кислоты.

   • Первый символ: молекулярная масса нуклеиновой кислоты в вирионе (в миллионах дальтон, млн Да).
   • Второй символ: процентное содержание нуклеиновой кислоты в общей массе вирусной частицы (вириона).

3. Третья пара символов: описывает морфологию вирусной частицы.

   • Первый символ: общая форма вириона.
   • Второй символ: форма нуклеокапсида (белковой оболочки, содержащей геном).
   • Используемые символы:
     • S — сферическая (изометрическая).
     • U — удлинённая с параллельными сторонами и закруглённым концом (или концами).
     • E — удлинённая с параллельными сторонами и незакруглёнными, тупыми концами.
     • X — сложная, не подпадающая под предыдущие категории.

4. Четвёртая пара символов: указывает на экологию вируса.

   • Первый символ: тип хозяина (организма, которого поражает вирус).
     • A — актиномицеты.
     • B — бактерии (бактериофаги).
     • F — грибы.
     • I — беспозвоночные.
     • S — семенные растения.
     • V — позвоночные.
   • Второй символ: тип переносчика (вектора), участвующего в распространении вируса.
     • O — переносчик отсутствует (передача происходит без посредника).
     • Ac — клещи (Acari).
     • Al — белокрылки (Aleyrodidae).
     • Au — цикадки (Cicadellidae) и т. д.

Специальный символ:

• Звёздочка (*) в любой позиции означает, что данное свойство на момент описания неизвестно.

Пример:

Криптограмма вируса табачной мозаики (Tobacco mosaic virus, TMV) записывается как: R/1; 2/5; E/E; S/*.

• R/1: геном представляет собой одноцепочечную РНК.
• 2/5: молекулярная масса РНК — около 2 млн Да, она составляет примерно 5 % массы вириона.
• E/E: и вирион, и его нуклеокапсид имеют удлинённую палочковидную форму с тупыми концами.
• S/O: вирус поражает семенные растения (S), а переносчик отсутствует (O) — передача происходит механически, например, через сок.

Криптограммы широко использовались в медицинской и общей вирусологии для систематизации данных о вирусах.

Современный контекст

Система криптограмм, предложенная в 1966 году (Gibbs et al.), была важным шагом в стандартизации описания вирусов. Однако с развитием молекулярной биологии и появлением возможности быстрого секвенирования геномов она утратила своё первостепенное значение. Сегодня классификация вирусов (например, по системе Международного комитета по таксономии вирусов, ICTV) основывается прежде всего на:

• Типе и структуре геномной нуклеиновой кислоты (ДНК/РНК, одно-/двухцепочечная).
• Стратегии репликации.
• Морфологии вириона.
• Филогенетическом родстве, определяемом по последовательностям ключевых генов.

Таким образом, криптограмма сегодня рассматривается скорее как исторический и справочный формат, который может кратко резюмировать некоторые свойства вируса, но не заменяет его полной таксономической характеристики.