Сравнение восьми программ для сборки геномов de novo, включая сборку генома SARS-CoV-2

Новое исследование сравнивает и оценивает восемь программных инструментов для сборки геномов de novo на реальных данных секвенирования нового поколения (NGS) вирусов. Исследование, включающее данные полногеномного секвенирования SARS-CoV-2, опубликовано в журнале OMICS: A Journal of Integrative Biology.

Сборка генома — один из ключевых этапов анализа данных полногеномного секвенирования и понимания вирусной геномики. Было разработано множество различных программных инструментов для сборки геномов. В данном исследовании авторы Амит Кумар Гупта и Манодж Кумар из Института микробных технологий (CSIR) и Академии научных и инновационных исследований (Индия) провели сравнительную оценку и тестирование восьми сборщиков на данных вирусного NGS.

Исследователи пришли к выводу, что «в целом, три сборщика, а именно SPAdes, IDBA и ABySS, показали стабильно хорошие результаты, включая сборку генома SARS-CoV-2». Они также предлагают рассматривать использование двух или более подходов к сборке в исследованиях с вирусным NGS, особенно в клинических условиях.

«Сборка генома жизненно важна для молекулярной эпидемиологии и клинического ведения COVID-19 и других инфекционных вспышек. Сравнительной оценки инструментов сборки генома на данных вирусного происхождения не хватало. Новое исследование заполняет этот пробел в знаниях, основываясь на данных секвенирования SARS-CoV-2, вируса денге 3, вируса иммунодефицита человека 1, вируса гепатита B, вируса Западного Нила и других. Это тестирование является прекрасным примером геномных приложений в планетарном здоровье и открывает новые возможности для ускорения инноваций в клинической диагностике, разработке лекарств и вакцин», — говорит главный редактор OMICS Вурал Оздемир.