Ученые предлагают стандарты для секвенирования вирусных геномов

Специалисты из Научно-исследовательского института инфекционных заболеваний армии США (USAMRIID) предложили набор стандартов для создания общего «языка» среди исследователей, работающих над секвенированием вирусных геномов и характеристикой вирусных штаммов.

Предложенная система, опубликованная в виде редакционной статьи в журнале mBio, стала результатом совместной работы ученых из ведущих мировых институтов, включая Broad Institute, Институт Крейга Вентера, Национальную лабораторию в Лос-Аламосе, Национальный институт аллергии и инфекционных заболеваний, Университет Мэриленда и Университет Джонса Хопкинса.

«Одним из наших главных достижений было собрать всех за одним столом и договориться о чем-то значимом», — пояснил старший автор Густаво Паласиос.

Геном — это генетический материал организма, закодированный в ДНК или, для многих типов вирусов, в РНК. Он включает как гены, так и некодирующие последовательности, содержащие информацию, необходимую для репликации и передачи вируса. Определение последовательности дает полезную информацию, применимую в различных медицинских и научных дисциплинах.

«Благодаря технологиям высокопроизводительного секвенирования, секвенирование генома стало обычным компонентом почти во всех аспектах вирусных исследований, включая молекулярную эпидемиологию, разработку лекарств и вакцин, эпиднадзор и диагностику», — сказал Паласиос. — «Таким образом, мы сейчас наблюдаем взрывной рост как числа доступных последовательностей геномов, так и числа институтов, производящих такие данные».

Однако, несмотря на большой объем проводимого секвенирования, «в настоящее время не существует унифицирующей структуры, общего словаря о том, насколько «завершен» тот или иной вирусный геном», отметил первый автор статьи Джейсон Ладнер из USAMRIID. Уровень завершенности определяет пригодность генома для различных последующих применений, включая разработку диагностических средств, систем обратной генетики и контрмер.

Команда надеется заполнить этот пробел, определив пять «стандартных» категорий, охватывающих все стадии завершения вирусного генома. Эти категории описаны с помощью простых критериев, которые применяются независимо от используемой технологии секвенирования.

«Поскольку технологии могут быстро устаревать, мы хотели, чтобы стандарты были «агностичными» — то есть не были привязаны к конкретной платформе — чтобы они оставались актуальными с течением времени», — объяснил Ладнер.

Предложенные стандартные категории геномов создают основу, которую можно использовать во всех областях исследований, связанных с вирусами. Кроме того, стандарты могут быть использованы публичными репозиториями последовательностей и федеральными агентствами, которые утверждают и регулируют продукты, связанные с вирусами, включая диагностику, вакцины и терапевтические средства.