Новый коронавирус связан с вирусами летучих мышей

Согласно генетическому анализу, опубликованному в mBio 20 ноября, вирус, вызвавший тревогу мировых органов здравоохранения после смерти мужчины в Джидде (Саудовская Аравия) и связанный с двумя другими случаями заболевания, является новым типом коронавируса, наиболее близким к вирусам, обнаруженным у летучих мышей. Исследователи детально изучили геном вируса HCoV-EMC/2012, чтобы понять его родство с другими вирусами и возможные источники. Результаты секвенирования и анализа могут быть использованы для разработки методов диагностики, а в перспективе — терапии и вакцин.

«Вирус наиболее близок к вирусам летучих мышей, найденных в Азии, и среди человеческих вирусов близкородственных ему нет. Поэтому мы предполагаем, что он имеет животное происхождение», — говорит руководитель исследования Рон Фушье из Медицинского центра Эразмус (Нидерланды).

Случай в Саудовской Аравии, когда 60-летний мужчина скончался от острой пневмонии и почечной недостаточности, напомнил миру об угрозе коронавирусов, к которым относится и вирус атипичной пневмонии (SARS), унесший с 2002 года более 900 жизней.

Интерес к HCoV-EMC/2012 возрос после выявления двух других пациентов с похожими инфекциями:

• После смерти пациента в Саудовской Аравии в июне, у пациента из Катара был диагностирован аналогичный вирус (лечится в Лондоне).
• Полная геномная последовательность вируса из Лондона, опубликованная 13 ноября, почти идентична HCoV-EMC/2012 — всего 99 нуклеотидных отличий (разница 0.3–0.4%).
• Выявлен третий случай заболевания в Саудовской Аравии, но последовательность генома этого вируса пока неизвестна.

Геномный анализ и происхождение

Геном HCoV-EMC/2012 был полностью секвенирован за несколько дней с помощью оптимизированного метода случайной амплификации глубокого секвенирования (покрыл ~90% генома) и подтверждён классическим методом Сэнгера.

Филогенетический анализ помещает вирус в род Betacoronavirus. Его ближайшие полностью секвенированные родственники — вирусы BtCoV-HKU4 и BtCoV-HKU5, выделенные в Азии у малого бамбукового нетопыря (Tylonycteris pachypus) и японской кожановидной ночницы (Pipistrellus abramus) соответственно. Однако HCoV-EMC/2012 имеет лишь 77% сходства последовательностей с BtCoV-HKU5, что позволяет считать его новым видом вируса.

Учитывая это сходство с вирусами летучих мышей и результаты серологического исследования в Саудовской Аравии (у 2400 посетителей больниц не обнаружено антител к вирусу), Фушье уверен, что вирус новый для людей. Источником, вероятно, являются летучие мыши (род Pipistrellus), обитающие в Саудовской Аравии и соседних странах.

Значение и перспективы

Близкое родство вирусов из Саудовской Аравии и Лондона (один вид, но не идентичные) указывает, что заражения, вероятно, произошли не от одного источника. Это требует понимания, исходит ли угроза из единого или множественных источников.

Полная геномная последовательность HCoV-EMC/2012 позволит:

1. Создавать синтетические копии вируса для изучения его свойств и вирулентности в лаборатории.
2. Разрабатывать методы диагностики, противовирусные препараты и вакцины.

«Аннотированная последовательность генома крайне важна для разработки методов диагностики, противовирусных средств и вакцин, которые могут понадобиться. Учитывая три уже выявленных случая, диагностика нам точно нужна уже сейчас. Понадобятся ли противовирусные и вакцины? Надеюсь, что нет», — заключает Фушье.