Выявлено эволюционное происхождение SARS-CoV-2

Международная группа учёных из Китая, Европы и США, включая специалистов из Университета Глазго, реконструировала эволюционную историю вируса SARS-CoV-2. Исследование показало, что линия вирусов, к которой он принадлежит, циркулирует среди летучих мышей уже несколько десятилетий и, вероятно, включает другие вирусы, способные инфицировать человека. Результаты имеют значение для предотвращения будущих пандемий от этой линии.

Методология: анализ рекомбинации и филогенетики

Генетический материал коронавирусов обладает высокой рекомбинантностью, что затрудняет восстановление их происхождения. Команда использовала три биоинформатических подхода:

  1. Выявление и удаление рекомбинантных участков в геноме SARS-CoV-2.
  2. Реконструкция филогенетической истории для нерекомбинантных регионов.
  3. Сравнение этих историй для определения вирусов, участвовавших в прошлых событиях рекомбинации.

Результаты опубликованы в Nature Microbiology.

Ключевые выводы

  • Линия вирусов, включающая SARS-CoV-2, отделилась от других вирусов летучих мышей 40–70 лет назад.
  • Несмотря на генетическое сходство (~96%) с коронавирусом RaTG13 (обнаружен у подковоноса Rhinolophus affinis в провинции Юньнань, Китай, в 2013 г.), SARS-CoV-2 разошёлся с ним ещё в 1969 году.
  • Одна из древних общих черт — рецептор-связывающий домен (RBD) в S-белке (спайк-белке), позволяющий вирусу распознавать рецепторы на клетках человека. Это означает, что в популяциях подковоносых летучих мышей в Китае уже циркулируют другие вирусы, способные заражать людей.
  • Для SARS-CoV-2, вероятно, не требовался промежуточный хозяин (например, панголин) для перехода к человеку. Вирус мог эволюционировать для репликации в верхних дыхательных путях как людей, так и панголинов независимо. Ключевая мутация — вставка сайта расщепления в S-белке — пока не обнаружена у близких родственников вируса среди летучих мышей.

Выводы для эпидемиологического надзора

Для предотвращения будущих пандемий необходимы:

  1. Улучшенный отбор проб среди диких популяций летучих мышей.
  2. Системы эпиднадзора, способные оперативно выявлять новые патогены у людей и реагировать на них в режиме реального времени.

Как отметил Дэвид Робертсон, ключ к успеху — знать, какие вирусы искать, и уделять приоритетное внимание тем, что уже могут инфицировать человека: «Мы должны были быть лучше подготовлены ко второму вирусу SARS». Мачей Бони добавил: «...это будет не наша последняя пандемия коронавируса».

2020-07-28