Новый консорциум объединил ведущих учёных для секвенирования геномов беспозвоночных

Беспозвоночные составляют более 70% из примерно 1,9 млн описанных видов на Земле и давно служат модельными организмами во многих областях биологии.

Для их изучения был создан новый кооперативный консорциум — Global Invertebrate Genomics Alliance (GIGA). Его учредительный семинар прошёл в Океанографическом центре Университета Нова Саутвестерн (NSU) в марте 2013 года.

Организатор, профессор NSU Хосе Лопес, собрал экспертов для обсуждения стратегий полногеномного секвенирования множества целевых (не насекомых, не нематод) беспозвоночных организмов.

«Объединив и скоординировав наши исследовательские усилия, мы сможем узнать от этих животных гораздо больше», — сказал Лопес.

Беспозвоночные — классические объекты исследований, включая:

Исследования на этих организмах были удостоены Нобелевских премий.

Беспозвоночные демонстрируют уникальные черты:

  • Рекордное долголетие: черви Lamellibrachia (250 лет), моллюск Arctica islandica (до 507 лет), чёрные кораллы (2000 лет), бессмертная Hydra.
  • Экстремальная выживаемость: тихоходки («водяные медведи») переносят температуры от -150ºC до 150ºC, радиацию и космический вакуум.
  • Сложная организация: у осьминогов 8 щупалец, 3 сердца и высокоразвитый мозг.
  • Фармакологический потенциал: губки и кораллы — древнейшие линии животных — продуцируют множество химических структур-«заготовок» для новых лекарств.

Главная цель GIGA — создать сеть учёных для развития сравнительной геномики и биоинформатики не-насекомых/не-нематодных беспозвоночных. Консорциум вдохновлён проектом Genome 10K по секвенированию 10 000 геномов позвоночных.

В семинаре участвовали более 40 экспертов из США, Китая и Европы, представлявших университеты (включая Смитсоновский институт и Скриппс), биотех-компании (Life Technologies, PacBio, BioNanoGenomics) и студентов NSU. Обсуждались:

  • Приоритетные для секвенирования геномы
  • Оптимальные платформы для секвенирования ДНК/РНК
  • Стандарты сбора и подготовки образцов
  • Позиционирование таксонов на эволюционном Древе Жизни
  • Политика доступа и обмена данными внутри консорциума

Стартовое финансирование семинара предоставила American Genetic Association (издатель Journal of Heredity). Итогом стали:

  • Сайт консорциума (GIGA.nova.edu)
  • Международные коллаборации (симпозиум GIGA на конференции SMBE в Пуэрто-Рико)
  • Белая книга в текущем выпуске Journal of Heredity с изложением целей, проектов и стандартов GIGA

«GIGA рассматривает наши усилия как возможность для тех, кто посвятил жизнь изучению конкретных таксонов, объединить свои глубокие знания об эволюционной истории организмов с современным геномным контекстом», — резюмировали миссию консорциума д-р Лопес и коллеги.