Новый метод идентификации раковых клеток

Исследователи из Института Сэнгера разработали новый метод отделения раковых клеток от нераковых. Это повысит эффективность изучения биологии рака с помощью секвенирования мРНК отдельных клеток.

Исследование, опубликованное в Communications Biology, улучшает существующие методы идентификации раковых клеток в образце и предоставляет важные данные о микроокружении опухолей. Программное обеспечение доступно для исследователей по всему миру.

Проблема существующих методов

Анализ мРНК отдельных клеток — передовая методика изучения рака. Ключевой этап — разделение раковых и здоровых клеток, что является сложной задачей из-за разнообразия типов рака и молекулярных различий даже внутри одной опухоли.

Сейчас лучший метод — измерение средней экспрессии генов в образце, где более высокая или низкая экспрессия используется для идентификации раковых клеток. Однако этот подход может приводить к ложным выводам.

Новый подход

Учёные провели полное секвенирование генома и секвенирование мРНК отдельных клеток на образцах из больницы Грейт Ормонд Стрит (GOSH).

Определяя дисбаланс аллелей в этих данных (что указывает на изменения числа копий в геноме), команда смогла идентифицировать раковые клетки надёжнее, чем предыдущими методами.

Значение и доступность

Этот подход будет полезен для валидации новых типов раковых клеток и лучшего понимания микроокружения опухолевой ткани.

Метод, названный alleleIntegrator, доступен как программный пакет для исследователей по всему миру.