Улучшенный метод для профилирования РНК в отдельных клетках
Исследователи из LMU повысили чувствительность и эффективность популярного метода секвенирования РНК отдельных клеток, который даёт молекулярный "отпечаток пальца" клетки на основе паттернов активности её генов.
Тело человека состоит из порядка 13 миллиардов клеток, каждая из которых имеет уникальный молекулярный профиль. Даже клетки одной ткани могут различаться, и их активность меняется со временем. Поэтому методы анализа отдельных клеток — мощный инструмент для изучения клеточной неоднородности.
Суть метода: Секвенирование РНК отдельных клеток (single-cell RNA sequencing) определяет состав популяции матричных РНК (mRNA) в клетке. Поскольку мРНК — это транскрипты генов, служащие чертежами для синтеза белков, их инвентаризация раскрывает функциональное состояние клетки и показывает, какие гены были активны на момент анализа.
Улучшения: Учёные модифицировали метод SCRB-seq (single-cell RNA barcoding).
- Молекулярное уплотнение: Добавление агента, повышающего плотность среды в реакции обратной транскрипции, ускоряет процесс и позволяет транскрибировать в ДНК больше молекул РНК.
- Снижение искажений: Вторая модификация уменьшает предпочтительную амплификацию определённых ДНК, которая может искажать представление об исходном пуле РНК.
Результат: Новый метод, названный mcSCRB-seq, стал одним из самых эффективных и экономичных процедур РНК-секвенирования.
Этот метод важен для реализации международного проекта "Атлас человеческих клеток" (Human Cell Atlas), цель которого — каталогизировать все типы клеток человека на основе их паттернов генной активности.