Новый метод геномного секвенирования позволяет «умнее» анализировать отдельные клетки

Исследование, опубликованное 22 июля в Nature Biotechnology, впервые показывает, что новый метод геномного секвенирования Smart-Seq позволяет проводить углубленный анализ клинически значимых одиночных клеток.

Метод имеет множество возможных применений, включая лучшее понимание сложностей развития опухолей. Это крайне важно, так как многие клинически важные клетки существуют лишь в малых количествах и требуют анализа на уровне одной клетки. Исследование провела команда ученых из Института Людвига по исследованию рака, Каролинского института в Швеции, Калифорнийского университета в Сан-Диего и Illumina Inc.

• Суть метода: Smart-Seq позволяет проводить полное картирование экспрессии генов в отдельных клетках, показывая, какие гены активны. Это дает возможность точно описывать и изучать различия в экспрессии генов между отдельными клетками одной и той же ткани.
• Применение в онкологии: В исследовании ученые изучили опухолевые клетки в кровеносной системе пациента с рецидивирующей злокачественной меланомой. После идентификации опухолевых клеток в обычном анализе крови команда использовала Smart-Seq для анализа их экспрессии генов.
• Результат: Метод показал, что опухолевые клетки активировали множество важных мембранных белков, которые, как считается, ответственны за их способность уклоняться от системы мониторинга организма и распространяться с кровью или лимфой.

Как отмечает Рикард Сандберг, биомедицинский исследователь из Института Людвига и Каролинского института, хотя результаты предварительные, они демонстрируют возможность изучения отдельных, клинически значимых клеток. Это позволит онкологам анализировать такие клетки более систематически для разработки лучших методов диагностики и терапии.