Учёные сообщили о первой расшифровке генома лягушки

Команда учёных из Института совместных исследований генома (JGI) Министерства энергетики США и Калифорнийского университета в Беркли публикует на этой неделе первую последовательность генома земноводного — африканской шпорцевой лягушки Xenopus tropicalis. Это заполняет важный пробел среди секвенированных на сегодня позвоночных.

Высококачественный черновой вариант последовательности генома X. tropicalis (западной шпорцевой лягушки) поможет исследователям, использующим её более популярного родственника, Xenopus laevis, для изучения эмбрионального развития и клеточной биологии.

Значение для науки

  • Наличие полного каталога генов Xenopus вместе с генами человека, крысы, мыши и курицы поможет восстановить полный набор генов предкового позвоночного.
  • Геном tropicalis станет основой («каркасом») для сборки генома X. laevis, секвенирование которого сложнее и дороже из-за дупликации генома (у laevis может быть по четыре копии каждого гена).
  • Доступность генома открывает возможность изучения на молекулярном и геномном уровне влияния эндокринных разрушителей — химических веществ, имитирующих гормоны, которые могут быть частично ответственны за сокращение популяций лягушек во всём мире.

Ключевые детали исследования

  • Черновой вариант последовательности генома и его анализ опубликованы 30 апреля в журнале Science.
  • Сравнение областей вокруг конкретных генов у лягушки, курицы и человека показывает удивительное сходство, указывающее на высокую степень сохранения организации хромосом за 360 миллионов лет.
  • Геном лягушки содержит гены, подобные как минимум 1700 человеческим генам, связанным с заболеваниями.
  • Геном X. tropicalis содержит более 20 000 генов (у человека около 23 000).

Практические преимущества X. tropicalis

  • Занимает меньше места и имеет более короткий жизненный цикл (от 4 месяцев).
  • Более прост для генетических исследований, так как является диплоидным (две копии каждого гена), в отличие от X. laevis.
  • Полный каталог генов позволяет создавать ДНК-микрочипы для изучения экспрессии генов в масштабе всего генома.