Геномные исследования могут помочь понять устойчивость тасманийских дьяволов к раку

За последние 30 лет популяция тасманийских дьяволов в Австралии страдает от инфекционного рака, который поставил вид на грань исчезновения. Сумчатые животные высоко восприимчивы к лицевой опухоли тасманийского дьявола, которая почти всегда смертельна для их вида. Геномные взаимодействия между болезнью и её хозяином коррелируют с тем, как быстро восприимчивое животное заражается после контакта с патогеном.

С помощью секвенирования ДНК животных и их опухолей доцент интегративной биологии USF Марк Маргрес и аспирант Дилан Галлинсон отследили эти геномные взаимодействия. Их результаты опубликованы в совместной статье "Межгеномные сигнатуры коэволюции тасманийских дьяволов и инфекционного рака" в Proceedings of the National Academy of Sciences.

"Большой вопрос в биологии — генетическая основа болезни. Классический способ определить это — исследования генома и регрессионный анализ, который сопоставляет гены с риском заболевания", — сказал Маргрес. "Ранее не существовало метода для изучения взаимодействий между обоими геномами".

Используя недавно разработанное совместное полногеномное исследование ассоциаций, Маргрес и Галлинсон проанализировали 960 геномов и 15 лет данных о пойманных дьяволах, чтобы отследить коэволюцию дьяволов и рака.

"Наши коллабораторы в Тасмании отслеживали распространение болезни и собирали образцы тканей", — сказал Галлинсон. "Мы секвенировали ДНК как опухолей, так и дьяволов, чтобы найти мутацию, способствующую проявлению болезни".

Их выводы могут быть использованы как в эпидемиологических моделях, отслеживающих инфекционные заболевания, так и в стратегиях управления популяцией дьяволов, направленных на спасение исчезающего вида.