Расшифровка генетического кода болезни виноградной лозы для защиты индустрии

Расшифровка генетического кода распространённой болезни винограда может улучшить управление виноградниками и помочь защитить многомиллиардную индустрию, включающую производство изюма, сока, джема/желе, свежего винограда, экстракта и масла виноградных косточек, уксуса и вина.

Учёные близки к завершению создания генетического профиля (микробиома) болезни корончатого галла винограда — бича виноградников по всему миру. Исследование сосредоточено на 16 сортах винограда, включая Каберне Совиньон и Рислинг, из виноградников в регионе Фингер-Лейкс (Нью-Йорк), на сельскохозяйственной экспериментальной станции Корнеллского университета в Женеве (Нью-Йорк) и в Миссури. Сорта Мускат Оттонель, Vitroblack и Мускат Александрийский также были отобраны в виноградниках Венгрии, Туниса и Японии соответственно.

По данным Конгресса США, индустрия вина, винограда и продуктов из него принесла экономике США более 162млрд * *в2007году.В2012годуэкономическоевлияниенаштатНью − Йорксоставило * *4.8 млрд.

«Нам осталось около шести месяцев, чтобы получить данные для полного описания бактериального микробиома опухолей виноградной лозы», — говорит Майкл Савка, профессор биологических наук в RIT.

Полное экологическое понимание микробной популяции, связанной с Agrobacterium vitis, может улучшить борьбу с болезнью и производство всех сортов винограда.

Корончатый галл — хроническое заболевание, не имеющее эффективного лечения. Бактерии проникают в лозу через прививки или раны и распространяются по сосудистой ткани растения. Системная инфекция развивается в опухолевые наросты (галлы), которые лишают растение воды и питательных веществ. Болезнь может убивать виноградники, ослаблять зрелые лозы и сохраняться в почве и растительных остатках годами.

Ключевой вклад внёс Хан Минг Ган, эксперт в области платформ секвенирования ДНК нового поколения. Он разработал метод, разделяющий ДНК бактерий от ДНК клеток растения. Он идентифицировал основной микробиом, общий для всех 52 исследованных опухолей, который состоит из:

• Трёх разных видов Agrobacterium
• Одного вида Erwinia и Novosphingbium
• По одному представителю семейств Enterobacteriaceae и Microbacteriaceae

«Следующим шагом будет предсказание роли других не-Agrobacterium штаммов в галле на основе их идентичности», — отмечает Ган.

Команда также оценивает, существуют ли различия в зависимости от климата, сорта винограда и типа опухоли. В этом году были собраны дополнительные образцы в Венгрии и Тунисе.