Коронавирусные эпидемии впервые возникли более 21 000 лет назад
Сарбековирусы проникали в популяцию человека дважды за последнее десятилетие, что привело к вспышке смертельного SARS-CoV-1 в 2002-04 гг. и текущей пандемии COVID-19, вызванной вирусом SARS-CoV-2. Новое исследование Оксфордского университета показывает, что последний общий предок этих вирусов существовал более 21 000 лет назад, что почти в 30 раз старше предыдущих оценок.
Несмотря на очень высокую скорость эволюции на коротких временных промежутках, для выживания вирусы должны оставаться высокоадаптированными к своим хозяевам. Это накладывает серьёзные ограничения на их свободу накапливать мутации без снижения приспособленности, что приводит к наблюдаемому замедлению кажущейся скорости эволюции вирусов со временем.
"Мы разработали новый метод, который позволяет восстановить возраст вирусов на более длительных временных масштабах и скорректировать своеобразную «эволюционную относительность», когда кажущаяся скорость эволюции зависит от масштаба измерения. Наша оценка, основанная на данных вирусных последовательностей — более 21 000 лет — замечательно согласуется с недавним анализом данных генома человека, который указывает на заражение древним коронавирусом примерно в то же время", — сказал Махан Гафари из Оксфордского университета.
Исследование также демонстрирует, что новая эволюционная модель позволяет надёжно оценивать дивергенцию вирусов на vast timescales, потенциально охватывая весь ход эволюции животных и растений.
Новая модель позволяет реконструировать не только эволюционную историю вирусов, родственных SARS-CoV-2, но и гораздо более широкий спектр РНК- и ДНК-вирусов в более отдалённые периоды прошлого.
Прогнозы модели для вируса гепатита C (HCV) — ведущей глобальной причины заболеваний печени — согласуются с гипотезой о его циркуляции в течение почти полумиллиона лет. Таким образом, HCV мог распространиться по всему миру как неотъемлемая часть миграции современного человека «Из Африки» около 150 000 лет назад.
Различные генотипы HCV, аутохтонные для популяций Южной и Юго-Восточной Азии и Центральной Африки, могли возникнуть в течение этого prolonged period. Этот пересмотренный временной масштаб может разрешить давнюю загадку их глобального распространения.
"С этой новой техникой мы можем взглянуть гораздо шире на другие вирусы, переоценить временные масштабы их глубокой эволюции и получить представление о взаимоотношениях с хозяевами, что является ключом к пониманию их способности вызывать заболевание", — говорит профессор Симмондс, Оксфордский университет.