Обнаружены новые бактерии и вирусы в микробиоме кожи человека
Исследователи из Европейского института биоинформатики EMBL (EMBL-EBI), Национального института исследования генома человека NIH (NHGRI), Национального института артрита, скелетно-мышечных и кожных заболеваний NIH и их коллеги идентифицировали новые виды бактерий и грибов, а также вирусы в микробиоме кожи человека.
В исследовании, опубликованном в Nature Microbiology, ученые секвенировали геномы микроорганизмов, обнаруженных в 594 образцах, взятых с различных поверхностей кожи 12 здоровых добровольцев. Комбинируя традиционное лабораторное культивирование с метагеномным секвенированием, они создали Коллекцию геномов кожных микроорганизмов (Skin Microbial Genome Collection, SMGC) — набор референсных геномов для микробиома кожи человека.
Разнообразие микробиома кожи
"Мы обнаружили тысячи вирусных последовательностей, включая множество «джамбо-фагов» — очень крупных вирусов, инфицирующих бактерии, — чаще всего на поверхности рук и ног наших добровольцев", — сообщила Сара Кашаф, аспирант NIH и EMBL-EBI. Эти области тела имеют высокоразнообразный микробиом.
Исследователи использовали обширные методы лабораторного культивирования, метагеномное секвенирование и общедоступные кожные метагеномы. Исследование в основном было сосредоточено на жителях Северной Америки.
Новые эукариоты, бактерии и вирусы
Коллекция SMGC включает:
- 174 ранее неизвестных вида бактерий.
- 4 новых эукариота (одноклеточных организма, например, грибов).
- 20 новых «джамбо-фагов» — вирусов с геномом более 200 килобаз, что в 3–5 раз больше, чем у среднего вируса.
Это исследование расширяет каталог известных кожных бактерий на 26%.
"Мы также обнаружили двенадцать геномов от одноклеточных эукариот — грибов, таких как дрожжи, — на коже человека. Некоторые из этих геномов были уже известны, например, Malassezia globosa. Использование тех же методов, которые позволили обнаружить восемь известных геномов, дает нам уверенность в четырех новых эукариотах", — говорит Роб Финн, руководитель группы в EMBL-EBI. Один из новых эукариотов был очень распространен среди добровольцев.
Все эти данные вскоре будут бесплатно доступны в виде нового каталога геномов в ресурсе данных MGnify.