Новый каталог ДНК-вирусов и ретровирусов представлен научному сообществу
Микробов на планете больше, чем звёзд в Млечном Пути. Они влияют на производство пищи, качество воздуха, разложение биомассы и плодородие почв. Вирусы, которых, как считается, в 10 раз больше, чем микробов, могут изменять эти процессы, влияя на способности микробов функционировать.
Учёные из Объединённого института генома Министерства энергетики США (DOE JGI) создали крупнейшую общедоступную базу данных о вирусах — Integrated Microbial Genomes with Virus Samples (IMG/VR). Это единая вычислительная платформа, объединяющая все последовательности с сопутствующими метаданными и аналитическими инструментами. Данный проект увеличивает количество известных вирусных генов в 16 раз.
В серии из четырёх статей в Nucleic Acids Research исследователи также сообщают об обновлениях других общедоступных баз данных и вычислительных инструментов:
IMG with Microbiome Samples (IMG/M): по состоянию на июль 2016 года содержит 47 516 архейных, бактериальных и эукариотических геномов. Это более чем 300%-ный рост с сентября 2013 года. База включает аннотированные данные ДНК и РНК последовательностей из культур, одноклеточных геномов (SCG), метагеномов, а также образцов микробиомов.
Genomes OnLine Database (GOLD): вручную курируемая система каталогизации проектов по секвенированию со всего мира. В текущей версии (v.6) все проекты организованы по четырёхуровневой системе: исследование, организм/биообразец, проект секвенирования, проект анализа.
IMG Atlas of Biosynthetic gene Clusters (IMG-ABC): позволяет искать кластеры биосинтетических генов и вторичные метаболиты. Последнее обновление включает инструмент ClusterScout для целевого поиска пользовательских кластеров генов в тысячах микробных геномов, а также новую функцию поиска.
Эти обновлённые базы данных и инструменты анализа предоставляют детальную информацию о микробах и вирусах, помогая научному сообществу отвечать на вопросы о вирусной инфекции микробов. Полученные знания важны для миссий DOE в области биоэнергетики и окружающей среды.