Ученые обнаружили, что 90% вирусов кожи — это вирусная «темная материя»

Исследователи из Медицинской школы Перельмана Пенсильванского университета впервые детально изучили виром кожи — совокупность вирусов, обитающих на коже человека. Работа, опубликованная в журнале mBio, показала, что подавляющее большинство ДНК-вирусов на здоровой коже человека никогда ранее не описывались и представляют собой вирусную «темную материю».

Технический прорыв

Ранее исследования сталкивались с проблемой: в образцах с кожи вирусный генетический материал составлял ничтожную долю на фоне человеческой и бактериальной ДНК. Ученые оптимизировали методы выделения вирусоподобных частиц (VLPs) и анализа малых количеств генетического материала, что позволило секвенировать вирусную ДНК, не полагаясь полностью на существующие базы данных.

Ключевые результаты

• Анализ образцов 16 здоровых людей показал, что более 90% обнаруженной вирусной ДНК не имело таксономической классификации в базах данных — это и есть «темная материя».
• Наиболее распространенным вирусом, инфицирующим клетки кожи, оказался вирус папилломы человека (HPV).
• Большая часть вирусной ДНК принадлежала бактериофагам — вирусам, заражающим бактерии кожи. Это подтвердилось обнаружением в бактериальной ДНК тех же субъектов CRISPR-спейсеров — следов прошлых атак фагов.
• В ДНК фагов нашли гены, которые потенциально могут повышать устойчивость бактерий-хозяев к антибиотикам или усиливать их патогенность.
• Виром кожи значительно варьируется в зависимости от участка тела. Наибольшее разнообразие вирусов обнаружено в локтевом сгибе.

Значение и перспективы

Исследование устанавливает базовое описание здорового вирома кожи. Ученые предоставили научному сообществу полный набор инструментов и алгоритмов для анализа, доступных в дополнительных материалах к статье. Сейчас команда использует эти методы для изучения изменений вирома под воздействием ультрафиолетового излучения и антибиотиков.