Новый метод автоматического обнаружения опасных вариантов патогенов

Исследователи разработали метод, позволяющий в реальном времени выявлять более заразные варианты вирусов или бактерий, циркулирующих в популяции, включая возбудителей гриппа, COVID-19, коклюша и туберкулеза.

Суть метода

  • Использует генетические данные секвенирования из образцов инфицированных людей.
  • Автоматически строит «генеалогические деревья» патогенов.
  • Выявляет новые варианты на основе двух ключевых критериев:
    1. Степень генетических изменений.
    2. Способность легко распространяться в человеческой популяции.
  • Устраняет необходимость в созыве экспертных групп для классификации новых вариантов.

Преимущества и применение

  • Широкий охват: Применим для большого спектра вирусов и бактерий.
  • Эффективность: Для анализа достаточно небольшого количества образцов, что ценно для регионов с ограниченными ресурсами.
  • Скорость: Позволяет быстро обнаруживать варианты, ускользающие от вакцин, что может помочь в разработке более эффективных препаратов.
  • Резистентность: Оперативно выявляет варианты с устойчивостью к антибиотикам, что может повлиять на выбор лечения и сдерживание распространения.

Результаты тестирования

  1. Коклюш (Bordetella pertussis): Метод сразу выявил три ранее не обнаруженных варианта, циркулирующих в популяции.
  2. Туберкулез (Mycobacterium tuberculosis): Показал распространение двух вариантов, устойчивых к антибиотикам.

Ключевые цитаты

  • Д-р Ноэми Лефранк: «Наш новый метод удивительно быстро показывает, есть ли в популяции новые трансмиссивные варианты патогенов... Мы можем даже начать прогнозировать, как новые варианты возьмут верх».
  • Проф. Джулиан Паркхилл: «Наш метод обеспечивает полностью объективный способ обнаружения новых штаммов болезнетворных микроорганизмов... Это означает, что мы можем быстро и эффективно выявлять появление новых высокотрансмиссивных штаммов».
  • Проф. Анри Сальж: «Если мы увидим быстрое распространение устойчивого к антибиотикам варианта, то сможем изменить назначаемый антибиотик, чтобы попытаться ограничить распространение этого варианта».

Исследование опубликовано в журнале Nature. Ученые считают, что этот метод может стать неотъемлемой частью систем эпиднадзора за инфекционными заболеваниями по всему миру.