Безопасность водных животных как источников белка для человека в контексте SARS-CoV-2

Водные животные исторически являются важным и питательным компонентом рациона человека, обеспечивая почти 20% потребления животного белка для примерно 3.3 миллиарда людей. В отличие от наземных животных, нет доказательств, что водные животные служат резервуарами для зоонозных вирусов. Однако многочисленные случаи обнаружения SARS-CoV--2 в образцах холодной цепи и окружающей среды от водных продуктов вызвали обеспокоенность во всем мире, хотя частота таких случаев значительно ниже, чем для птицы и скота.

В недавнем исследовании, опубликованном в журнале Reproduction and Breeding, группа ученых из Китая и Канады разработала "вирус-майнинговый" конвейер для оценки риска инфицирования от водных животных.

На первом этапе проводился скрининг общедоступных баз данных для сбора транскриптомных и геномных данных часто употребляемых в пищу водных видов. В результате были получены библиотеки RNA-seq для 70 видов и референсные геномы для 55 видов водных животных. Геномные последовательности вирусов, связанных с дыхательной системой и кишечником человека (например, коронавирус и вирус гриппа), были загружены и использованы для создания пула референсных геномов вирусов. Были применены две стратегии для картирования транскриптомов водных животных на геномы этих вирусов.

"Положительные сигналы были во всех контрольных группах, что подтверждает надежность нашего конвейера", — поясняет старший и соавтор-корреспондент Цзин Луо, профессор Государственной ключевой лаборатории сохранения и использования биоресурсов в Юньнаньском университете. — "Кроме того, обе стратегии картирования выявили фрагменты вируса гриппа A (Influenza A Virus) в образце кожи лосося. Этот фрагмент мог появиться либо из-за контаминации во время отбора проб, либо из-за инфекции IAV у рыбы, но похожих вирусных фрагментов нет в транскриптомах других тканей того же образца S. salar".

Исследователи восстановили и верифицировали этот связанный с человеком вирусный фрагмент с помощью de novo сборки и филогенетического анализа. Результаты показывают высокую гомологию между фрагментом и человеческим IAV (H7N9).

"Мы считаем, что фрагмент, скорее всего, появился из-за контаминации образца при контакте с человеком, а не из-за вирусной инфекции", — добавляет Луо. — "За исключением этого ложноположительного результата, анализ не обнаружил никаких вирусов, связанных с человеком, в других транскриптомах водных животных".

Многочисленные недавние случаи с SARS-CoV-2 показали, что холодовая цепь и контаминация окружающей среды играют роль в распространении вируса, но именно через контаминацию человеком. Исходя из этого, команда пришла к выводу, что водные животные являются безопасным источником белка для человека, но с оговоркой о безопасной обработке и хранении. > "Следовательно, обработка замороженных продуктов из водных животных имеет решающее значение для контроля распространения вируса, и за этим следует тщательно следить", — сказал Луо.