Атлас вирома здоровых человеческих тканей
Исследователи из Института медицинских наук Токийского университета (IMSUT) впервые всесторонне описали атлас вирома человека, используя общедоступную базу данных.
Что такое "виром"?
Виром — это вирусный компонент микробиома. В отличие от бактериального микробиома, виром в соматических тканях здоровых людей изучен слабо, поскольку такие ткани обычно труднодоступны для отбора проб.
Исследование "скрытого" вирома
Для характеристики вирома в тканеспецифичной манере исследовательская группа провела метатранскриптомный анализ, используя набор данных RNA-sequencing из проекта Genotype-Tissue Expression (GTEx) и суперкомпьютер SHIROKANE в IMSUT.
Были проанализированы:
- 8 991 набор данных RNA-sequencing
- 51 соматическая ткань
- 547 человек
В результате было успешно обнаружено 39 видов вирусов как минимум в одной ткани.
Связь вирусных инфекций с экспрессией генов и здоровьем
Исследование выявило ключевые ассоциации:
- Вирус гепатита C в печени был тесно связан с повышенной регуляцией интерферон-стимулируемых генов и патологическими признаками хронического гепатита.
- Вирус простого герпеса 1 типа в мозге одного субъекта был сильно связан с экспрессией иммунных генов.
- Torque teno virus был обнаружен в широком спектре тканей, но не был связан с интерфероновыми ответами.
- Вирус Эпштейна-Барр в селезенке и крови был связан с увеличением количества плазматических клеток у здоровых субъектов, что важно в свете его связи с лимфопролиферативными заболеваниями.
- Вирус герпеса человека 7 часто обнаруживался в желудке и был связан с долей лейкоцитов человека в желудке, а также с экспрессией пищеварительных генов.
- Вирусные инфекции в локальных тканях были связаны с системными иммунными ответами в циркулирующей крови.
Значение исследования
Как отметил ведущий ученый Кей Сато, доцент IMSUT, это первое комплексное исследование вирома человека в различных тканях здоровых людей с помощью метатранскриптомного анализа. Описанный атлас и аналитический конвейер помогут выявить "скрытые" связи между виромом человека, его здоровьем и болезнями, а также будут применимы в различных вирусологических исследованиях, включая пандемию COVID-19.