Геном рыбы-клоуна расшифрован и опубликован

Геном оранжевой рыбы-клоуна (Amphiprion percula), известной по фильму «В поисках Немо», был расшифрован. Это дает исследователям наиболее детальную на сегодня информацию по геномике рифовых рыб.

Ключевые детали проекта:

• Геном состоит из 24 хромосом.
• Удалось секвенировать около 97% последовательности генома и разместить 98% этой последовательности по хромосомам.
• Данные уже доступны научному сообществу на сайте nemogenome.org.

Значение для науки:

Оранжевая рыба-клоун — модельный вид в морской биологии для изучения социальной организации, смены пола, выбора среды обитания, взаимодействия хищник-жертва и влияния изменения климата и закисления океана. Наличие этой сборки генома как общедоступного ресурса поможет глубже понять экологию и эволюцию рифовых рыб.

Методология:

Команда использовала передовую технологию секвенирования в реальном времени по одной молекуле (SMRT), которая производит относительно длинные фрагменты ДНК. С помощью биоинформатических программ и суперкомпьютерных ресурсов эти фрагменты были собраны в более длинные — в среднем по 639 тысяч нуклеотидов. Затем, используя дополнительные методы, исследователи собрали фрагменты в почти полные хромосомы.

Качество сборки:

Оценка полноты генома рыбы-клоуна в сравнении с высококачественными сборками геномов 26 других видов рыб показала, что она уступает только геному нильской тиляпии. Примечательно, что три наиболее полные сборки геномов рыб, доступные на сегодня, были выполнены с помощью технологии SMRT.

Планы на будущее:

Команда в настоящее время секвенирует геномы других видов рифовых рыб, чтобы в дальнейшем сравнить их и ответить на вопросы о том, как структура и эволюция генома связаны с различиями в признаках рыб, например, в их реакции на изменение климата.