Карта генома рыбы-клоуна: ключ к пониманию реакции на изменение климата

Международная команда исследователей создала одну из наиболее полных генетических карт для оранжевой рыбы-клоуна (Amphiprion percula), звезды мультфильма «В поисках Немо». Это достижение предоставляет научному сообществу бесценный ресурс для расшифровки реакции рыб на изменения окружающей среды, включая климатические.

Прорыв в геномике рифовых рыб

Исследование под руководством Университета науки и технологий имени короля Абдаллы (KAUST) и Центра передового опыта по изучению коралловых рифов ARC (Coral CoE) использовало современные технологии секвенирования.

• Результат: Собрана хромосомная эталонная сборка генома.
• Размер генома: Приблизительно 939 миллионов нуклеотидов.
• Гены: Обнаружено 26 597 белок-кодирующих генов.

«Этот геном предоставляет важнейшую схему для понимания каждого аспекта биологии рифовой рыбы», — заявил ведущий автор работы доктор Роберт Леманн (KAUST).

Значение модельного организма

Оранжевая рыба-клоун — не только самый узнаваемый, но и один из наиболее изученных видов рифовых рыб.

«Этот вид был центральным для новаторских исследований в экологических и эволюционных аспектах жизни рифовых рыб», — отметил соавтор профессор Филип Мандей (Coral CoE). Он служит моделью для изучения:

• Смены пола у рыб.
• Закономерностей рассеивания личинок.
• Влияния закисления океана (показано, что оно может нарушать поведение по избеганию хищников).

Доступ к данным и технологии

Все геномные и транскриптомные данные теперь доступны через базу данных Nemo Genome DB (http://nemogenome.org).

«Использование технологии секвенирования PacBio single molecule, real-time позволило нам достичь отточенного результата. Это один из самых полных рыбьих геномов из когда-либо созданных», — сказал соавтор профессор Дэвид Миллер (Coral CoE).

Исследование опубликовано в журнале Molecular Ecology Resources под названием «Finding Nemo's Genes: A chromosome-scale reference assembly of the genome of the orange clownfish, Amphiprion percula».