Резко динамичная геномная эволюция могучего клеща

Секвенирование и сравнительный анализ генома западного хищного клеща (Metaseiulus occidentalis) выявили чрезвычайно динамичную геномную эволюцию. Исследование, опубликованное в журнале Genome Biology and Evolution, проведено международной группой под руководством учёных из Женевского университета и Швейцарского института биоинформатики (SIB).

M. occidentalis — важный агент биологического контроля в сельском хозяйстве, используемый для борьбы с вредителями, такими как паутинные клещи, повреждающие клубнику, яблоки, персики и виноград.

Исследователи сосредоточились на генах, связанных с:

• Парализацией и предротовым перевариванием жертв.
• Редкой системой определения пола (парагаплоидность).
• Хеморецепции и защите от инфекций.

Ключевые геномные особенности

Сравнение с другими членистоногими показало экстремальную динамику эволюции генома клеща:

1. Интроны: Обнаружено значительно больше событий потери и приобретения интронов, чем у других видов.
2. Ген Dicer-2: Выявлено пять копий этого гена, в то время как у других членистоногих он обычно присутствует в одной копии. Это указывает на возможную перестройку путей обработки РНК.
3. Hox-гены: Гены, определяющие план тела животного и обычно собранные в кластер, оказались полностью разбросаны по всему геному. Это ставит вопрос о том, как регулируются их программы включения/выключения при отсутствии физической близости.

Новый высококачественный референсный геном улучшает геномное представительство хелицеровых (клещей, пауков, скорпионов), чьи крупные геномы сложны для секвенирования. Филогеномный анализ поставил под вопрос традиционные представления о родственных связях между основными группами хелицеровых, подчеркнув необходимость дальнейших геномных исследований.