Проект «100K Genome» представил ещё 20 геномов патогенов пищевого происхождения
Проект «100K Genome» под руководством Калифорнийского университета в Дэвисе, Центра безопасности пищевых продуктов и прикладного питания FDA США и компании Agilent Technologies объявил о добавлении 20 новых полных геномных последовательностей патогенных микроорганизмов пищевого происхождения в свою публичную базу данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI).
Геномы были определены с использованием технологии секвенирования одиночных молекул в реальном времени (SMRT® Sequencing) от компании Pacific Biosciences.
Теперь общее количество завершённых проектом геномных последовательностей достигло 30. Цель проекта — секвенировать 100 000 бактериальных и вирусных геномов. Эта работа направлена на ускорение диагностики и лечения болезней пищевого происхождения, а также на сокращение продолжительности и ограничение распространения вспышек. Только в США такие болезни ежегодно поражают около 48 миллионов человек и приводят примерно к 3 000 смертей (данные CDC).
Новые последовательности включают несколько изолятов Salmonella, Listeria, Campylobacter и Vibrio, а также полную характеристику их эпигеномов — диагностического признака, определяющего химическую модификацию ДНК и влияющего на поведение организма.
«Эти готовые геномные последовательности представляют собой высочайший стандарт качества: каждый штамм закрыт в единой бактериальной хромосоме вместе со связанной мобильной ДНК, — сказал директор проекта Барт Веймер. — Они также содержат полные связанные фаговые или плазмидные элементы, которые критически важны для понимания патогенности, лекарственной устойчивости и других биологически значимых признаков, связанных с выживанием».
«Геномы, которые мы проанализировали на сегодняшний день, принадлежат патогенам, ответственным за распространённые и изнурительные инфекции пищевого происхождения», — отметил Веймер. Доступность этой информации поможет сократить время, необходимое для диагностики и определения штаммов во время вспышек.
«Публикация этих геномных последовательностей в базе данных NCBI предоставит исследователям и органам здравоохранения информацию, которая позволит отслеживать патогены пищевого происхождения до их источника, — заявил эксперт FDA по геномике Марк Аллард. — В конечном итоге это ускорит расследование вспышек, снизит заболеваемость и облегчит разработку новых быстрых методов обнаружения патогенов».
Новые геномы были секвенированы и собраны с использованием технологии, способной обнаруживать и идентифицировать паттерны метилирования по всему геному в процессе секвенирования ДНК.
«Микробиологи всё больше осознают, что эпигенетическая информация предоставляет важные ключи к вирулентности штамма, вызывающего вспышку, — сказал Йонас Корлах из Pacific Biosciences. — Автоматизированные конвейеры, позволившие завершить эти 20 геномов и эпигеномов, служат прочной основой для производства многих других высококачественных готовых геномов патогенов пищевого происхождения в рамках этого проекта в ближайшем будущем».