Ученые секвенировали полный геном штамма E. coli, вызывающего пищевые отравления

Исследователи из Калифорнийского университета в Сан-Диего впервые провели полное секвенирование генома штамма кишечной палочки E. coli, который является частой причиной вспышек пищевых отравлений в США. Хотя штамм EDL933 был впервые выделен в 1980-х годах, он получил национальную известность в 1993 году, когда был связан со вспышкой отравлений в ресторанах Jack-in-the-Box на западе США.

Их статья, опубликованная 14 августа в журнале Genome Announcements, сообщает о полной, завершенной последовательности без пробелов. Анализ включает так называемые прыгающие гены, которые могут перемещаться внутри генома, иногда повреждая отдельные гены или обеспечивая устойчивость к антибиотикам.

«Имея полную последовательность генома, мы теперь можем точно определить местоположение всех таких элементов, что может помочь отслеживать и лечить будущие вспышки», — сказал Рами Азиз, старший автор статьи.

Геном этого исторического штамма был впервые опубликован в 2001 году, но в нем было много пробелов, которые не удалось закрыть с помощью технологий секвенирования того времени. Учитывая важность этого штамма как основной причины пищевых отравлений, группа системной биологии Палссона недавно заново секвенировала его геном, используя комбинацию данных с инструментов от Pacific Biosciences и Illumina.

«Новые методы секвенирования и сборки позволяют полностью раскрыть особенности назойливых патогенов; генетическим характеристикам больше негде скрываться. Полное генетическое описание множества патогенных штаммов, вероятно, не только улучшит наше понимание их характеристик, но и поможет найти и использовать их уязвимости», — сказал Палссон.