Проект «100K Genome» нацелен на болезни пищевого происхождения

Калифорнийский университет в Дэвисе, компания Agilent Technologies и Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA) запустили масштабный проект по секвенированию геномов 100 000 инфекционных микроорганизмов для ускорения диагностики болезней пищевого происхождения.

Проект рассчитан на пять лет и направлен на повышение безопасности пищевых продуктов. Консорциум создаст бесплатную публичную базу данных, содержащую геномные последовательности ключевых патогенов, включая Salmonella, Listeria, E. coli, а также распространённые вирусы, передающиеся через пищу и воду.

Эта база данных станет основой для разработки более быстрых и точных диагностических тестов, отслеживания источников вспышек и создания новых методов контроля патогенов в пищевой цепи.

Значимость проблемы

В США, по данным CDC, болезни пищевого происхождения ежегодно вызывают заболевания у 48 миллионов человек и уносят 3000 жизней. Устойчивость этих микроорганизмов связана с их генетической гибкостью.

Участники и их вклад

• FDA: предоставляет более 500 черновых геномов Salmonella, тысячи штаммов для секвенирования и биоинформатическую поддержку.
• CDC: делится экспертизой, предоставляет штаммы и участвует в руководящем комитете.
• Министерство сельского хозяйства США (USDA): направит для секвенирования важные бактериальные штаммы.
• Калифорнийский университет в Дэвисе: координирует секвенирование на новой площадке BGI@UC Davis, предоставляет доступ к своей коллекции бактерий и возможности для биоинформатического анализа.
• Agilent Technologies: обеспечивает научную экспертизу, оборудование и финансирование.

Методология

В центре BGI@UC Davis будет использоваться высокопроизводительное секвенирование нового поколения. Небольшое количество геномов будет полностью отсеквенировано в качестве референсных, а для большинства штаммов будут собраны черновые геномы. Это поможет идентифицировать биомаркерные гены, связанные с важными патогенными свойствами.

Завершённые последовательности будут размещены в публичной базе данных Национального центра биотехнологической информации NIH. Проект открыт для новых партнёров из промышленности, государственных учреждений и научных институтов.