CRISPR/Cas9 улучшен для нокаута генов в анеуплоидных клеточных линиях

CRISPR/Cas9 позволяет удобно и эффективно редактировать геном в диплоидных клеточных линиях на основе выделения и размножения отредактированных клонов отдельных клеток. Однако этот подход неэффективен для анеуплоидных клеточных линий. Группа учёных сообщила об улучшенном методе редактирования генома, основанном на нескольких раундах модификации. Статья опубликована в Tissue Engineering.

Максим Н. Карагяур, MD, Ph.D. (МГУ им. М.В. Ломоносова, Россия) и коллеги представили исследование в статье "Оптимизация технологии CRISPR/Cas9 для нокаута генов-мишеней в анеуплоидных клеточных линиях". Авторы обработали четыре разные анеуплоидные клеточные линии человека и мыши в объединённых популяциях и выключили в общей сложности шесть разных генов. Их новый протокол включает повторяющиеся раунды редактирования генома и сортировки GFP-положительных клеток.

Секвенирование предсказанных сайтов для оценки как целевого, так и внецелевого редактирования показало, что дополнительные раунды не увеличивают частоту внецелевого расщепления, несмотря на повышение эффективности нокаута гена.

Джон П. Фишер, Ph.D., со-главный редактор Tissue Engineering, отмечает, что работа описывает критически важное развитие технологии CRISPR/Cas9 для создания функциональных клеточных моделей из анеуплоидных культур. Используя инновационный подход повторяющихся циклов CRISPR/Cas9, группа показала, что экспрессию целевого белка можно подавить, обойдя таким образом клональные эффекты, часто наблюдаемые в этих сложных системах.