Ученые разработали биоинформатический пайплайн для открытия вирусов
Исследователи из Хельсинкского университета создали новый биоинформатический пайплайн Lazypipe для идентификации вирусов в образцах, связанных с хозяином, или в образцах окружающей среды.
Пайплайн был разработан в тесном сотрудничестве вирусологов и биоинформатиков. Ученые считают, что им удалось решить многие проблемы, типичные для вирусной метагеномики.
Ранее Viral Zoonooses Research Unit под руководством профессора Олли Вапалахти опубликовала два примера новых и потенциально зоонозных вирусных агентов, идентифицированных с помощью Lazypipe у диких животных, которые могут служить переносчиками:
- Новый вирус Эбола был обнаружен в образцах фекалий и органов летучих мышей Mops condylurus в Кении.
- Новый клещевой патоген, вирус Алонгшан, был найден в клещах в Северо-Восточной Европе.
"Эти примеры демонстрируют эффективность анализа данных Lazypipe для библиотек NGS с очень разным фоном ДНК/РНК, от тканей млекопитающих до объединенных и измельченных членистоногих", — говорит доктор Теему Смура.
Пандемия COVID-19 повышает потребность в быстром обнаружении вирусов
Текущая пандемия коронавируса подчеркивает необходимость быстрого и непредвзятого обнаружения ранее неизвестных вирусов.
"Обнаружение SARS-CoV-2 без референсного генома демонстрирует полезность Lazypipe для сценариев, в которых появляются новые зоонозные вирусные агенты, и их можно быстро обнаружить с помощью NGS-секвенирования из клинических образцов", — говорит доктор Рави Кант.
В начале апреля исследовательская группа протестировала библиотеки образцов, положительных на SARS-CoV-2, с помощью Lazypipe.
"Мы подтвердили, что пайплайн обнаружил SARS-CoV-2 в 9 из 10 библиотек при настройках по умолчанию и без референсного генома SARS-CoV-2", — говорит доктор Илья Плюснин.
"Lazypipe может сыграть решающую роль в прогнозировании возникающих инфекционных заболеваний", — добавляет доцент Тарья Сиронен.