BacFITBase: база данных для поиска ключевых генов бактериальных инфекций
Инфекционные заболевания вызываются патогенными микроорганизмами, способными проникать в организм хозяина, колонизировать его и размножаться. В последние годы бактериальные инфекции становятся всё более распространёнными, однако многие механизмы бактериального патогенеза до сих пор плохо изучены. Это особенно важно, поскольку разработка новых противомикробных терапий во многом основана на текущих знаниях об этих механизмах.
Белки, кодируемые бактериальными генами, отвечают за тысячи биохимических процессов, необходимых для эффективного распространения патогена. Многие исследования показывают, что для идентификации этих генов необходима in vivo информация о том, что происходит с бактериями в реальных условиях инфицированного хозяина. Данные in vitro исследований (в лабораторных условиях на культурах клеток и бактерий) не всегда коррелируют с результатами in vivo исследований, поскольку гены, необходимые для развития инфекции, зависят от среды организма-хозяина.
Исследователи из Департамента биохимии и молекулярной биологии Автономного университета Барселоны и Центра геномной регуляции (CRG) создали базу данных BacFITBase. На основе результатов in vivo экспериментов они систематически охарактеризовали бактериальные гены, важные для инвазии в клетки хозяина и развития инфекции.
Все эксперименты были основаны на технике транспозонного мутагенеза, при которой фрагменты ДНК (транспозоны) встраиваются в гены патогена, инактивируя их. Это позволяет напрямую наблюдать роль генов в инфекции и определять, какие из них необходимы для заражения конкретного организма-хозяина. Таким образом, база данных облегчит идентификацию белков-мишеней для борьбы с инфекционными заболеваниями и ускорит разработку новых противомикробных агентов.
BacFITBase содержит более 90 000 записей с информацией о конкретных генах патогенных бактерий и их вкладе в инфекционный процесс in vivo у пяти различных видов хозяев.
База данных включает:
- 15 бактерий: два варианта Salmonella enterica, Haemophilus influenzae, Streptococcus pyogenes, Porphyromonas gingivalis, Mycobacterium avium, три варианта Escherichia coli, Vibrio cholerae, Campylobacter jejuni, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Serratia marcescens и Vibrio parahaemolyticus.
- 5 модельных позвоночных: корова, свинья, курица, мышь и кролик.
- Информацию по 10 различным типам тканей.