Новый сборник из 660 000 собранных бактериальных геномов проливает свет на эволюцию бактерий

Исследование показало, что 90% секвенированных бактериальных геномов принадлежат лишь 20 видам бактерий из примерно 45 000. Это выявляет пробелы в имеющихся геномных данных и искажает наше представление о бактериальном разнообразии.

Учёные из Института Сенгера и Европейского института биоинформатики EMBL (EMBL-EBI) стандартизировали все данные бактериальных геномов, хранящиеся в Европейском архиве нуклеотидных последовательностей (ENA) до 2019 года. Они создали доступную для поиска базу данных, содержащую более 660 000 собранных геномов, опубликованную 9 ноября 2021 года в PLOS Biology.

Ключевые выводы:

  • Создан новый открытый ресурс, позволяющий учёным анализировать все имеющиеся данные стандартизированным и комплексным способом.
  • Более 300 000 из этих геномов ранее никогда не были полностью собраны.
  • Анализ выявил сильный перекос в данных: почти треть всех данных приходится на Salmonella enterica.
  • В архивах недостаточно данных о многих важных патогенах и бактериях, полезных для здоровья (например, составляющих микробиом кишечника).

Значение исследования:

  • Для науки: База данных позволяет рассматривать геномную информацию в широком контексте, а не изолированно, что критически важно для изучения эволюции бактерий, появления новых патогенов или генов устойчивости к антимикробным препаратам (AMR).
  • Для общественного здравоохранения: Исследование подчёркивает необходимость секвенировать более широкий спектр бактериальных видов и улучшать механизмы обмена данными.

Цитаты исследователей:

  • Д-р Замин Икбал (EMBL-EBI): «Такая узкая направленность ограничивает нашу способность по-настоящему понять ключевые вопросы... Мы знаем, что гены, обеспечивающие устойчивость к антимикробным препаратам, существуют в гораздо более широком спектре видов».
  • Д-р Грейс Блэквелл (EMBL-EBI/Сенгер): «Мы решили "привести в порядок" данные и облегчить для всех возможность задавать важные исследовательские вопросы».
  • Проф. Николас Томсон (Институт Сенгера): «Это наш интеллектуальный ориентир... Эта база данных откроет новые возможности для науки».

Созданный набор данных находится в открытом доступе для исследователей по всему миру.

2021-11-10