Новый метод для диагностики рака: scTRIP
Исследователи из Европейской молекулярно-биологической лаборатории (EMBL) в Гейдельберге и Центра биоинформатики Саарского университета разработали более дешёвый и быстрый метод для выявления генетических различий в отдельных клетках. По получаемой информации он превосходит существующие технологии. Метод может стать новым стандартом в исследованиях на уровне одной клетки и потенциально — в клинической диагностике генетики заболеваний, включая рак. Результаты опубликованы в Nature Biotechnology.
Суть метода scTRIP
Новый метод, названный одноклеточной трёхканальной обработкой (scTRIP), позволяет изучать генетические вариации в ДНК отдельной клетки и измерять их непосредственно в момент образования в новых клетках. В отличие от существующих методов, которые обнаруживали только крупномасштабные изменения в геноме, scTRIP может выявлять мелкомасштабные изменения и многие типы генетических вариаций, невидимые другими одноклеточными методами.
Как это работает: scTRIP объединяет сигналы из трёх различных каналов информации внутри геномного кода индивидуальной клетки, что позволяет раскрыть полный спектр перестроек ДНК.
Результаты тестирования на лейкозе
Метод протестировали на клетках лейкоза, полученных от пациента. В образце команда обнаружила в четыре раза больше вариантов, чем было выявлено стандартной клинической диагностикой. Среди находок:
- Пропущенная клинически значимая транслокация, которая приводила к сверхэкспрессии онкогена.
- Катастрофическая перестройка хромосомы, пропущенная при первоначальной диагностике лейкоза (вероятно, хромосома раздробилась, а затем была «склеена» в изменённом порядке).
Преимущества и перспективы
Тобиас Маршалл (Центр биоинформатики Саарского университета) отмечает, что метод значительно превосходит существующие, будучи при этом быстрее и дешевле, что очень полезно для клинического применения.
До сих пор исследования и применение в основном были сосредоточены на измерении РНК в клетке, в то время как измерение ДНК на уровне одной клетки получало гораздо меньше внимания. Анализ ДНК, как ожидается, даст новый уровень понимания того, как генетические изменения определяют разное поведение клеток.
Будущие шаги
Используя scTRIP, исследователи теперь могут напрямую измерять мутационные процессы, действующие в клетках и порождающие новые генетически отличные популяции. Команда планирует:
- Изучить мутационные процессы в различных типах человеческих клеток.
- Оценить последствия этих различий для развития заболеваний человека.