Первый отчёт о теломер-теломерном бесщелевом референсном геноме дикой голубики (Vaccinium duclouxii)

Голубика, распространённый вид рода Vaccinium с мелкими ягодами, известна своим вкусом, сбалансированной сладостью и кислотностью, а также богатым питательным составом, включающим витамины и антиоксиданты. Однако ограниченные генетические ресурсы культурной голубики сдерживают её развитие. Использование генетических ресурсов диких видов для селекции критически важно для повышения устойчивости и качества сортов.

Vaccinium duclouxii — эндемичный дикий вид голубики, произрастающий на юго-западе Китая. Он обладает высокой питательной, лекарственной и декоративной ценностью, а также демонстрирует сильную устойчивость и адаптивность. Отсутствие высококачественного генома серьёзно ограничивало его применение.

В октябре 2023 года журнал Horticulture Research опубликовал статью "The Telomere-to-telomere gap-free reference genome of wild blueberry (Vaccinium duclouxii) provides its high soluble sugar and anthocyanin accumulation".

В исследовании использовали данные секвенирования PacBio HiFi, ONT ultra-long и Hi-C для теломер-теломерной (T2T) de novo сборки генома V. duclouxii. Собранный геном размером 573.67 Mb успешно охватил все 12 бесщелевых хромосом, с общей аннотацией 41 953 гена.

Повторяющиеся последовательности составили 54.84%. Это наиболее полный и качественный геном в роде Vaccinium на данный момент. Интеграция транскриптомного и метаболомного анализов позволила раскрыть молекулярные механизмы, лежащие в основе накопления сахаров и кислот и биосинтеза антоцианов в процессе созревания V. duclouxii.

Эта работа закладывает основу для понимания эволюции рода Vaccinium и предоставляет ценную информацию для будущего генетического улучшения и селекции голубики.