Более 200 000 мутантных линий риса доступны для научных исследований

Учёные со всего мира создают обширную коллекцию генетически модифицированных растений риса, чтобы понять функции примерно 57 000 генов, составляющих геном Oryza sativa. Международный консорциум по функциональной геномике риса объявил о публичной доступности более 200 000 мутантных линий риса, представляющих мутации примерно в половине известных на сегодня функциональных генов риса.

По оценкам исследователей, для получения мутанта по каждому гену необходимо от 180 698 до 460 000 различных линий. Доступные 200 000 мутантов картированы с помощью вставки так называемых фланкирующих последовательностей (flanking sequence tags) — небольших фрагментов ДНК или молекулярных меток, интегрирующихся в геном риса. Этот подход позволяет связать физическое положение в геноме с конкретным геном и его видимым признаком (фенотипом).

Как отметил первый автор статьи Арун Кришнан: «Биоинформатика позволяет визуализировать огромные объёмы доступной исследователям последовательностной информации. Ресурсы, описанные в этой статье, — результат работы многих ведущих международных лабораторий по изучению риса — позволяют исследователям видеть и изучать на своих компьютерах точные положения мутаций в последовательности генома риса для каждого мутантного растения. Около 50% генов, кодирующих белки, имеют нокаутные мутации, которые, вероятно, полностью отключают их экспрессию и могут дать ценную информацию о генах благодаря их потере функции».

В рамках проекта было создано более 2 миллионов мутантов риса, и разнообразие доступных растений отвечает многим экспериментальным задачам учёных, изучающих рис и другие коммерчески важные злаки. Для завершения формирования ресурса потребуется картирование оставшихся генов из этой популяции, включая более мелкие гены, менее подверженные мутациям.

Профессор Энди Перейра добавил: «Геном Oryza sativa был секвенирован в 2002 году, и с тех пор исследователи значительно продвинулись. Развитие таких технологий, как высокопроизводительное секвенирование и методы РНК-интерференции, должно ускорить процесс определения функций оставшихся генов в геноме риса». Он также отметил, что доступность ресурса мутантов риса уже помогает учёным в изучении биологии этой важной сельскохозяйственной культуры, что критически важно для понимания функций генов и биологических процессов в рисе и других злаках, таких как кукуруза и пшеница.

Источник: Krishnan A et al. (2009) Plant Physiology 149(1): 165-170. Virginia Tech.