Методические искажения в изучении разнообразия почвенных грибов

Исследование эстонско-немецкого консорциума (Тартуский университет и EMBL) показало существенные методические искажения в данных о разнообразии почвенных грибов. Оказалось, что даже современные подходы, такие как ДНК-баркодирование и ПЦР-независимый анализ, могут давать смещённую информацию о таксономическом составе почвенного биоценоза. Работа опубликована в открытом журнале MycoKeys и в журнале Science.

Высокопроизводительное секвенирование (Illumina) мета-баркодов ДНК и всего метагенома почвы выявило сильные методические искажения в таксономических данных о разнообразии грибов. Все методы имели свои систематические ошибки и недостатки, но привели к схожим экологическим выводам: наибольшее влияние на сообщества почвенных грибов в горных районах Папуа — Новой Гвинеи оказывают флористические переменные.

«Меня мотивировала критика нашей прошлогодней статьи в Science о глобальном разнообразии грибов, где предполагалось, что обилие определённых грибов было недооценено», — пояснил ведущий автор работы, почвенный эколог и миколог из Тартуского университета доктор Лехо Тедерсо.

«Самый интригующий результат — все эти инновационные, высокопроизводительные молекулярные методы имеют серьёзные систематические ошибки. Например, методы на основе ампликонов сильно зависят от таксономического разрешения баркода (фрагмента ДНК, используемого для идентификации), несовпадений праймер-матрица, наличия интронов и общей длины баркода. В свою очередь, ПЦР-независимые методы наиболее подвержены влиянию доступности таксономической референсной информации, которая сильно различается для классов и типов грибов», — добавил Лехо.

В заключение доктор Тедерсо отметил, что недавно разработанные ПЦР-независимые методы не являются «волшебной палочкой» для понимания таксономического состава почвенного биоценоза, однако они обладают большим потенциалом для изучения функционального потенциала микроорганизмов.