Интеграция экологического анализа в масштабные исследования секвенирования

Исследователи из совместного Института интегративной системной биологии CSIC-Университета Валенсии, Кристина Виланова и Мануэль Поркар, предложили изменить подход к проведению масштабных исследований секвенирования микробного состава биологических образцов. В своей статье, опубликованной в Nature Microbiology, они утверждают, что данные следует сопоставлять с инновационными критериями культивирования и интерпретировать с экологической точки зрения.

Впервые предложен такой целостный подход для исследований микробиома, которые анализируют микробный состав экосистемы (почвы, воды, фекалий и т.д.) с помощью секвенирования ДНК в масштабах, возможных благодаря современным технологиям. Действительно, современные методы секвенирования настолько мощные, что предоставляют больше информации, чем исследовательские группы способны проанализировать.

«Всё больше данных хранится в базах данных, которые просто не интерпретируются», — отмечает Виланова, указывая в статье, что «задача состоит в том, чтобы снизить сложность для улучшения понимания». Идея их подхода заключается в том, чтобы осмыслить массивы записанных данных способом, выходящим за рамки бесконечных списков видов, присутствующих в данном образце, и извлечь соответствующие выводы, представляющие экологический интерес.

Известно, например, что микроорганизмы не живут изолированно. Применение экологических параметров к данным позволяет обнаруживать и изучать эти природные ассоциации или микробные консорциумы. Благодаря этому такие исследования микробиома становятся гораздо более полезными для экологических исследований и даже исследований, связанных со здоровьем человека.