Новый геномный ресурс поможет в борьбе с устойчивым к лекарствам брюшным тифом

Новый онлайн-ресурс Typhi Pathogenwatch позволяет сообществу специалистов в области общественного здравоохранения отслеживать устойчивость к противомикробным препаратам у бактерии Salmonella Typhi (S. Typhi), вызывающей брюшной тиф, с помощью геномного секвенирования. Улучшение эпиднадзора таким образом позволяет проводить ранние вмешательства для минимизации распространения болезни.

Бесплатный инструмент, созданный сообществом, был разработан Центром геномного эпиднадзора за патогенами в Институте больших данных Оксфордского университета совместно с исследователями из Института Сенгера, Лондонской школы гигиены и тропической медицины, Кембриджского университета, Public Health England и Международного института вакцин. Новая статья в Nature Communications подробно описывает, как работает система и каковы её функциональные возможности.

Брюшной тиф — высококонтагиозная бактериальная инфекция, наиболее распространенная в регионах с плохими санитарными условиями и ограниченным доступом к чистой воде. В 2017 году в мире было зарегистрировано более 10 миллионов случаев и более 110 000 смертей, в основном среди детей и подростков в Азии и странах Африки к югу от Сахары.

S. Typhi становится все более устойчивой к антибиотикам, особенно в условиях ограниченных ресурсов, где возможности здравоохранения ограничены. Ранние признаки устойчивости к противомикробным препаратам можно обнаружить с помощью полногеномного секвенирования S. Typhi.

Ранее такой вид геномного секвенирования был возможен только в странах с высоким уровнем дохода и требовал экспертных знаний в области геномики и биоинформатики. Pathogenwatch делает геномные данные быстро доступными для широкого круга специалистов в области общественного здравоохранения через веб-браузер, где их можно легко анализировать и распространять.

Рутинный эпиднадзор с использованием этого ресурса наряду с полногеномным секвенированием может информировать решения о методах лечения брюшного тифа, а также о внедрении и влиянии программ вакцинации.

Pathogenwatch облегчает глобальный доступ к геномным данным для общественного здравоохранения. Инструмент потенциально может быть использован для секвенирования других инфекционных заболеваний и уже был задействован для помощи в борьбе с COVID-19 путем отслеживания вариантов вируса SARS-CoV-2.

Доктор Сильвия Архимон, геномный эпидемиолог Центра геномного эпиднадзора за патогенами и ведущий автор статьи, сказала: «Геномика сыграла решающую роль в нашем понимании распространения устойчивого к лекарствам брюшного тифа, но создание потенциала в биоинформатике и геномной эпидемиологии требует времени и постоянных инвестиций. Typhi Pathogenwatch может преодолеть этот разрыв в условиях, когда секвенатор доступен, но возможности все еще ограничены».

Профессор Дэвид Ааненсен, директор Центра геномного эпиднадзора за патогенами, сказал: «Наша цель — предоставить ценность локальным генераторам данных за счет быстрой доставки правильной аналитики и удобных интерфейсов. Typhi Pathogenwatch — это партнерство в рамках сообщества Typhi Genomics, которое стремится демократизировать доступ к геномным данным и технологиям для принятия решений в области глобального общественного здравоохранения».