Новый портал для исследований геномики растений поможет в создании улучшенных сельскохозяйственных культур
Сегодня запущен Ensembl Plants — бесплатный веб-ресурс для исследований в области геномики растений. Его создали Европейский институт биоинформатики EMBL (EMBL-EBI) совместно с Лабораторией в Колд-Спринг-Харбор (США). Портал позволяет исследователям по всему миру получать доступ и визуализировать результаты экспериментов в масштабе генома у различных видов растений. Определяя генетическую основу полезных признаков, таких как устойчивость к засухе и вредителям, Ensembl Plants упростит для учёных работу по повышению продуктивности и здоровья сельскохозяйственных культур. Это важный шаг на пути к удовлетворению растущих мировых потребностей в продовольствии в ближайшее десятилетие.
Первый выпуск включает данные генома из нового исследования, финансируемого Советом по исследованиям в области биотехнологии и биологических наук (BBSRC). Ричард Мотт из Центра генетики человека Wellcome Trust Оксфордского университета и Паула Ковер из Университета Бата секвенировали геномы 17 штаммов резуховидки Таля (Arabidopsis thaliana). Arabidopsis был первым растением с полностью секвенированным геномом и служит важной отправной точкой для прикладных исследований растений. Помимо создания подробного каталога вариаций в геноме Arabidopsis, проект стал пилотным для применения методов высокопроизводительного секвенирования к геномам растений.
Ensembl Plants был совместно разработан EMBL-EBI и группой Дорин Уэр, которая курирует базу данных Gramene в Лаборатории Колд-Спринг-Харбор (США). Gramene уже использует систему Ensembl с открытым исходным кодом, изначально разработанную EMBL-EBI и Институтом Сенгера Wellcome Trust, для изучения генетических различий между видами растений. Группы Ensembl Plants и Gramene будут сотрудничать для поддержания общего набора эталонных баз данных, интегрируя экспериментальные данные, полученные по обе стороны Атлантики.
Запуск Ensembl Plants завершает набор новых порталов на базе Ensembl (для бактерий, протистов, грибов и беспозвоночных метазой), запущенных EMBL-EBI в 2009 году.