Проект Genome 10K объявляет о первых 101 виде для секвенирования генома

Сообщество ученых проекта Genome 10K (G10K) и китайский BGI объявили план по секвенированию геномов 101 вида позвоночных в ближайшие два года. Это первый шаг к конечной цели проекта — секвенированию 10 000 видов.

Цели и масштаб проекта

  • G10K — международный проект по сбору образцов тысяч животных из зоопарков, музеев и университетских коллекций для секвенирования их полных геномов.
  • Цель — создать «геномный зоопарк» из последовательностей ДНК для 10 000 видов позвоночных (примерно по одному на каждый род) к 2015 году.

Первые 101 вид

  • Виды отобраны из базы данных G10K, которая каталогизирует более 16 000 подходящих для секвенирования образцов позвоночных, включая ныне живущие и недавно вымершие виды.
  • Секвенирование будет проведено в течение 24 месяцев на мощностях BGI в Китае, где сосредоточено самое большое в мире количество современных машин для секвенирования ДНК.
  • Отбор провели ученые BGI, их коллабораторы, спонсоры и руководители таксономических групп G10K. Критерии: филогенетическое разнообразие, отсутствие дублирования с другими публичными проектами, биологическая значимость для человека и наличие проверенных образцов.

Значение и контекст

  • По словам сооснователя G10K Дэвида Хаусслера, эти геномы станут «новым и захватывающим окном в биологию позвоночных».
  • Проект расширяет инициативу BGI «1,000 Plant and Animal Reference Genome Project», запущенную в январе 2010 года.
  • Помимо 101 вида от G10K, в публичных проектах уже секвенируются геномы еще 120 видов позвоночных. Таким образом, в ближайшие годы будет завершено 221 полногеномное секвенирование.
  • Данные помогут в изучении биологии многих исчезающих видов и будут способствовать их сохранению.

Требования к качеству и будущее

  • Каждый вид должен получить референсную последовательность генома с контигами хромосомного масштаба, пригодную для отображения в геномном браузере и точную enough для исследований.
  • Дальнейший отбор видов для секвенирования в проекте G10K будет осуществляться на основе принципов открытой науки.
2010-11-30