Расшифрован полный геном унаби (зизифуса)

Компания BGI Tech и Хэбэйский аграрный университет совместно объявили о завершении полного высококачественного секвенирования генома унаби (зизифуса, Ziziphus jujuba). Это растение — наиболее экономически важный представитель семейства Крушиновые (Rhamnaceae). Его геном было особенно сложно секвенировать из-за высокого уровня гетерозиготности и других усложняющих факторов. Это первый секвенированный геном в семействе Крушиновые. Исследование недавно опубликовано в Nature Communications.

Унаби — важная коммерческая плодовая культура, занимающая до 30 миллионов акров (сопоставимо с яблоней и цитрусовыми). Китай производит 99% от 6 миллионов тонн сушёных плодов ежегодно. Плоды унаби содержат значительно больше витамина C, чем другие известные богатые им фрукты (апельсин, киви), а также высокие уровни нуклеотидов, полисахаридов и других важных функциональных компонентов. Кроме того, дерево унаби обладает высокой устойчивостью к засолению и засухе и хорошо растёт на песчаных, щелочных и засушливых почвах. Поэтому расшифровка его генома имеет большое значение для использования этих важных признаков.

Геном унаби обладает самой высокой степенью гетерозиготности (1.9%) среди растений, секвенированных на сегодняшний день с помощью технологий секвенирования нового поколения (NGS). Кроме того, очень высокая плотность микросателлитных повторов и низкое содержание GC делают геном особенно сложным для полного секвенирования и сборки. Используя комбинацию метода BAC-to-BAC и ПЦР-независимого полногеномного секвенирования, исследователи успешно завершили высококачественное de novo секвенирование 98.6% от предполагаемого генома, идентифицировав 32 808 генов.

«Это исследование ускорило функциональные геномные исследования унаби и будет способствовать генетическому улучшению и селекции плодовых деревьев семейства Крушиновые», — заявил профессор Мэнцзюнь Лю, руководитель исследовательской группы из Хэбэйского аграрного университета.