Расшифрован геном коралла-цветной капусты

Международная команда учёных секвенировала геном коралла-цветной капусты Pocillopora verrucosa. Этот ресурс позволит исследовать, как кораллы адаптировались к разным условиям окружающей среды.

Этот коралл (также известный как кружевной) широко используется в науке, так как распространён в Красном море, Индийском и Тихом океанах. «Наличие генома поможет понять генетическую основу адаптации вида к разным условиям, — говорит аспирант Кэрол Буйтраго-Лопес, — и может пролить свет на то, как кораллы ответят на глобальное потепление».

Исследователи сравнили популяции кораллов в Красном море, где существует градиент условий (температура, солёность, питательные вещества), чтобы найти участки генома, связанные с адаптацией. Референсный геном незаменим для понимания функций этих участков. «Очень полезно знать, где находятся конкретные гены, или определить, какие гены находятся под давлением отбора», — отмечает Буйтраго-Лопес.

Анализ предсказал около 27 500 генов на основе примерно 50 000 транскриптов, что сопоставимо с геномами близкородственных кораллов. Однако геном P. verrucosa содержит более высокий процент повторяющихся элементов, особенно транспозонов. Это может указывать на радиацию рода, что согласуется с широким географическим и глубинным распространением вида.

Учёные также обнаружили долю генов без интронов — типичный признак генов, приобретённых путём горизонтального переноса. Их доля схожа с другим кораллом рода Pocillopora и значительно выше, чем у коралла другого рода. Функция этих генов пока неизвестна.

Теперь, имея расшифрованный геном, исследователи могут изучать эволюционную историю этих кораллов. Понимание их адаптации к условиям Красного моря может указать пути помощи кораллам в борьбе с последствиями изменения климата. «С секвенированным геномом вы не работаете вслепую, — заключает Буйтраго-Лопес. — Это поможет понять, на чём следует сосредоточить внимание».