Первый полный геном рапса раскрывает структурные вариации, связанные со временем цветения

Рапс (Brassica napus) — важная масличная культура, овощ и декоративное растение. Однако существующие референсные геномы, включая последнюю версию ZS11_HZAU, содержат пробелы и ошибки, что ограничивает точный геномный анализ.

В августе 2023 года в журнале Horticulture Research опубликовано исследование, представляющее первую сборку генома рапса сорта Xiang5A (X5A) без пробелов.

Ключевые достижения исследования:

• Метод сборки: Для создания генома использовали комбинацию данных PacBio HiFi, Oxford Nanopore Technologies (ONT) и Hi-C.
• Результат: Получен полный геном размером 1004.95 Mb. Все 19 хромосом собраны в непрерывные последовательности, восемь из них — от теломеры до теломеры (T2T). Контиги N50 достигли длины 50.70 Mb.
• Аннотация: Выявлено 580.09 Mb повторяющихся последовательностей и 124 774 генных модели. Захвачено 99.2% эталонного набора генов BUSCO.
• Эволюция и вариации: Сравнительная геномика подтвердила происхождение B. napus от аллотетраплоидизации B. rapa и B. oleracea. Анализ структурных вариаций (SV) выявил гены, влияющие на время цветения — ключевой признак для адаптации и селекции раннеспелых сортов.

Значение: Полный геном X5A служит точным фундаментом для изучения сложной архитектуры генома рапса, открытия ранее упущенных функциональных генов и ускорения селекции.