BioJupies: облачный инструмент для анализа биомедицинских данных за минуты

Исследователи из Медицинской школы Икан на горе Синай разработали инструмент BioJupies, который ускоряет анализ и публикацию биомедицинских данных с нескольких месяцев или лет до нескольких минут. Он меняет способ коммуникации научных результатов.

Проблема традиционного анализа

Основным методом обмена данными до сих пор была публикация в научных журналах. Анализ данных RNA-секвенирования (самого распространенного метода профилирования клеток) традиционно требовал навыков программирования и доступа к локальным высокопроизводительным вычислительным системам, что сильно замедляло процесс.

Как работает BioJupies

Новый инструмент, описанный в выпуске Cell Systems за ноябрь 2018 года, использует облачные технологии:

• Позволяет пользователям загружать и анализировать данные RNA-секвенирования за доли прежнего времени.
• Облачный конвейер снижает стоимость обработки данных до менее одного цента за образец.
• Генерирует полный интерактивный отчет с открытым исходным кодом.
• Дает доступ к 300 000 публично доступных наборов данных RNA-секвенирования для повторного анализа и использования.

Значение для науки

С ростом объемов биомедицинских данных, собираемых для целей прецизионной медицины, доступность и возможность повторного использования этой информации становятся критически важными. BioJupies позволяет исследователям без вычислительного бэкграунда проводить анализ RNA-секвенирования, не прибегая к помощи биоинформатиков.

«BioJupies не только ускоряет способ анализа и интерпретации данных, но и предоставляет совершенно новый способ делиться результатами с мировым научным сообществом», — отметил старший автор публикации, профессор Ави Мааян.