Новый проект помогает исследователям создавать биомедицинскую базу знаний
14 апреля 2016 г. — Многие ученые сталкиваются с проблемой сбора данных, разбросанных по небольшим базам и труднодоступным PDF-файлам.
"Дело не в том, что данных не существует, — сказал доцент Научно-исследовательского института Скриппса (TSRI) Эндрю Су. — Просто данные хранятся не так, чтобы ученые могли легко к ним получить доступ".
Чтобы решить эту проблему, Су, его коллега Бен Гуд и их команда интегрировали биомедицинские данные в Wikidata — общедоступную редактируемую базу, где исследователи могут легко связывать гены, белки и другие понятия. Их работа представлена в двух статьях в журнале Database.
Новый подход к исследованиям
Биомедицинские знания фрагментированы по множеству ресурсов. "Как научное сообщество мы тратим много времени на поиск хороших ресурсов и попытки связать их вместе", — отметил научный сотрудник TSRI Тим Путман.
Wikidata, построенная на тех же принципах, что и Wikipedia, предлагает новую модель для организации всей этой информации, позволяя любому пользователю добавлять новые данные в открытую базу.
Команда TSRI сосредоточилась на добавлении информации о биомедицинских концепциях:
- Научный сотрудник Себастьян Бургшталлер-Мюльбахер добавил данные обо всех генах человека и мыши, всех человеческих заболеваниях и всех лекарствах, одобренных FDA.
- Тим Путман расширил Wikidata, сфокусировавшись на микробных геномах.
Собрав всю эту информацию в одной системе, исследователи могут легче находить связи между болезнями, патогенами и биологическими процессами. В качестве примера Путман использовал модель, чтобы показать, как другие микроорганизмы в теле могут влиять на хламидийные инфекции.
В качестве доказательства концепции Путман руководил разработкой геномного браузера на основе Wikidata. Этот браузер позволяет пользователям просматривать любой геном, загруженный в Wikidata, без необходимости создавать отдельный браузер для каждого секвенированного генома.
Итоговая цель исследователей — создание всеобъемлющей, единообразной базы данных, которую легко искать и которая открыта для любого, кто хочет добавлять данные и связывать связанные понятия.