BioJavaScript: открытая платформа для визуализации биологических данных
Учёные из TGAC и их европейские партнёры создали передовое открытое сообщество для наук о жизни — BioJavaScript (BioJS). Это бесплатная библиотека программного обеспечения, которая разрабатывает инструменты для визуализации различных типов биологических данных. Такая визуализация помогает исследователям представлять свои данные и доносить ключевые научные гипотезы и концепции до широкой аудитории, способствуя пониманию сложных биологических систем для улучшения здоровья растений, животных и человека.
Принцип работы и философия
BioJS использует переиспользуемые компоненты для визуализации и анализа биологических данных в интернете. Программное обеспечение и данные находятся в свободном доступе для пользователей и разработчиков, которые могут модифицировать, расширять и распространять его с минимальными ограничениями и без какой-либо платы. Видение сообщества: «каждый биологический датасет в мире в сети должен быть визуализирован с помощью инструментов BioJS». Цель — создать крупнейший и наиболее полный репозиторий инструментов на JavaScript для визуализации биологических данных онлайн, доступный для всех.
Развитие сообщества
BioJS был первоначально разработан в 2013 году в результате сотрудничества между TGAC и Европейским институтом биоинформатики (EMBL-EBI). Начавшись как небольшой набор отдельных графических компонентов, он превратился в набор из более 100 инструментов визуализации данных с общим числом загрузок, приближающимся к 185 тысячам. Сообщество насчитывает 41 контрибьютора из кода, распределённых по четырём континентам, форум Google Group с более чем 150 участниками и 15 опубликованных статей с множеством цитирований.
Доступность и продвижение
BioJS спроектирован так, чтобы потенциальные контрибьюторы сталкивались с минимальными техническими требованиями. Пользователю необходимо знать JavaScript, но не требуется понимать ядро системы. Можно работать над несколькими проектами одновременно, создавая собственные компоненты визуализации данных.
Для продвижения проекта TGAC недавно провёл первую конференцию BioJS как открытое мероприятие для потенциальных разработчиков и пользователей, за которой последовал хакатон для интеграции набора инструментов в более крупную сеть Galaxy — открытую веб-платформу для ресурсоёмких биологических исследований.
Цитата лидера проекта
Мануэль Корпас, руководитель сообщества BioJS и лидер проекта в TGAC, отметил:
BioJS стал надёжным международным проектом за короткий срок благодаря развитию нужных навыков и технической экспертизы. Вклад участников поощряется, чтобы мотивировать членов сообщества и увеличивать наше влияние.
Время, потраченное на продвижение и нетворкинг, — одна из самых плодотворных инвестиций в сообщество BioJS. Мы верим, что BioJS станет примером, который придаст другим уверенности для создания своих собственных столь же устойчивых проектов и сообществ с открытым исходным кодом.
Статья под названием «Cutting edge: Anatomy of BioJS, an open source community for the life sciences» опубликована в журнале eLife.